根據國稅發2004112號第一條及國稅函2005169號的第一條規定，納稅人如果既有留抵稅金又有欠稅的，應以期末留抵稅額抵減增值稅欠稅。

　　同時國稅函20041197號的規定，當納稅人既有增值稅留抵稅額，又欠繳增值稅而需要抵減的，應由縣（含）以上稅務機關填開《增值稅進項留抵稅額抵減增值稅欠稅通知書》（以下簡稱《通知書》。由此可知，如果貴司有留抵稅金需要抵減欠繳的增值稅，則應由縣（含）以上稅務機關填開《通知書》。

　　另，該文件第二條提出，抵繳的欠稅包含呆賬稅金及欠稅滯納金。

　　綜上，貴司如果既有留抵稅金又有欠繳增值稅的，應以期末留抵稅額抵減欠繳的增值稅，同時可以抵減因欠繳增值稅而產生的滯納金，并取得《通知書》企業與稅局留存各一份。

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　　相關規定：

　　《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人用進項留抵稅額抵減增值稅欠稅問題的通知》（國稅發2004112號）

　　一、對納稅人因銷項稅額小于進項稅額而產生期末留抵稅額的，應以期末留抵稅額抵減增值稅欠稅。

　　《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人將增值稅進項留抵稅額抵減查補稅款欠稅問題的批復》

　　（國稅函2005169號）

　　一、增值稅一般納稅人拖欠納稅檢查應補繳的增值稅稅款，如果納稅人有進項留抵稅額，可按照《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人用進項留抵稅額抵減增值稅欠稅問題的通知》（國稅發2004112號）的規定，用增值稅留抵稅額抵減查補稅款欠稅。

　　《國家稅務總局關于增值稅進項留抵稅額抵減增值稅欠稅有關處理事項的通知》（國稅函20041197號）

　　一、關于稅務文書的填開

　　當納稅人既有增值稅留抵稅額，又欠繳增值稅而需要抵減的，應由縣（含）以上稅務機關填開《增值稅進項留抵稅額抵減增值稅欠稅通知書》（以下簡稱《通知書》，式樣見附件）一式兩份，納稅人、主管稅務機關各一份。

　　二、關于抵減金額的確定

　　抵減欠繳稅款時，應按欠稅發生時間逐筆抵扣，先發生的先抵。抵繳的欠稅包含呆賬稅金及欠稅滯納金。確定實際抵減金額時，按填開《通知書》的日期作為截止期，計算欠繳稅款的應繳未繳滯納金金額，應繳未繳滯納金金額加欠稅金額為欠繳總額。若欠繳總額大于期末留抵稅額，實際抵減金額應等于期末留抵稅額，并按配比方法計算抵減的欠稅和滯納金；若欠繳總額小于期末留抵稅額，實際抵減金額應等于欠繳總額。