納稅人多繳的稅款，稅務機關如何退還呢?《中人民共和國稅收征收管理法》第五十一條規(guī)定，納稅人超過應納稅額繳納的稅款，稅務機關發(fā)現(xiàn)后應當立即退還;納稅人自結算繳納稅款之日起三年內發(fā)現(xiàn)的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款并加算銀行同期存款利息，稅務機關及時查實后應當立即退還;涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規(guī)有關國庫管理的規(guī)定退還。

從上面《中人民共和國稅收征收管理法》第五十一條的規(guī)定可知，退還多繳稅款的期限是以發(fā)現(xiàn)的渠道來界定的：由稅務機關發(fā)現(xiàn)的納稅人多繳的稅款，沒有時間限制，即無論是何時多繳的稅款，稅務機關都應當予以退還;由納稅人自己發(fā)現(xiàn)的多繳稅款，應當是自納稅人結算繳納稅款之日起三年內的多繳稅款，稅務機關才能予以退還。結算期結束已經(jīng)超過三年的多繳稅款，稅務機關就不能再退還多繳的稅款了。

筆者認為：退還多繳稅款的期限以發(fā)現(xiàn)的渠道來界定，存在不妥之處，還應當加上多繳稅款是由征納雙方誰的責任造成的做為一個界定條件。像由于稅務機關的責任導致納稅人多繳稅款的，如果是稅務機關發(fā)現(xiàn)的，退稅沒有三年的限制，即無論是哪個年度多繳的稅款，都應當予以退還，這就比較公平合理;但如果是納稅人自己發(fā)現(xiàn)的，退稅則有三年的限制，即退還的稅款只能是自結算繳納稅款之日起三年內多繳的稅款。超過三年多繳的稅款就不能退還，這就有失公平合理。必定多繳的稅款是由稅務機關的責任造成的，退稅時再按三年的時間界定，超過三年期限的不予退還，這就存在稅務機關不能完全承擔責任的嫌疑。

由于我國稅種設置較多，很多稅種中又涉及諸多稅目，稅收法律、法規(guī)及規(guī)范性文件紛繁復雜，加之稅務人員業(yè)務素質參差不齊，因此，實務中，由于稅務機關的工作失誤，導致納稅人多繳稅款的現(xiàn)象也是時有發(fā)生的。比如像借款合同，《中人民共和國印花稅暫行條例》規(guī)定：借款合同的征稅范圍是銀行及其他金融組織和借款人(不包括銀行同業(yè)拆借)所簽訂的借款合同。這就表明，企業(yè)向企業(yè)借款或企業(yè)向個人借款所簽訂的借款合同不繳納印花稅。但有些稅務機關一旦發(fā)現(xiàn)企業(yè)有借款合同，并不甄別企業(yè)是向金融機構的借款，還是向非金融機構或個人的借款，而是一律要求企業(yè)繳納借款合同類印花稅。

近些年來，國家各種媒體報到了許多司法領域平反冤假錯案的案例。對于平反冤假錯案，國家沒有規(guī)定以案件發(fā)生的時間為限制，而是實行了無論何時發(fā)生的冤假錯案，一律平反，并給予當事人相應的經(jīng)濟賠償。這就充分彰顯了國家法制的進步，社會的文明。

稅法是國家法制體系中重要的一員，稅法也應當和其他法律一樣與時俱進。為了保障納稅人的合法權益不受損失，體現(xiàn)稅收制度的公平合理和稅務機關的公信力和人性化執(zhí)法，對因稅務機關的責任致使納稅人多繳稅款的，筆者認為，無論是稅務機關發(fā)現(xiàn)的，還是納稅人自己發(fā)現(xiàn)的，退稅應當不受時間限制，無論是何時多繳的稅款，稅務機關都應當予以退還;又因為是稅務機關給納稅人造成的損失，因此，還應當給予加算銀行同期存款利息的補償。