1、青苗補償費是否要按銷售不動產(chǎn)征稅。其實，這個問題在營業(yè)稅時代就一直存在。在已經(jīng)廢止的《國家稅務總局關于征用土地過程中征地單位支付給土地承包人員的補償費如何征稅問題的批復》(國稅函199787號)規(guī)定：對土地承包人取得的土地上的建筑物、構(gòu)筑物、青苗等土地附著物的補償費收入，應按照《中人民共和國營業(yè)稅暫行條例》的“銷售不動產(chǎn)━━其他土地附著物”稅目征收營業(yè)稅。青苗補償費按照銷售不動產(chǎn)征收營業(yè)稅，實際上，這個文件發(fā)布后，全國原先地稅機關對于青苗補償費真的按照銷售不動產(chǎn)征收營業(yè)稅的案例寥寥無幾。后期，總局納服司在類似政策解答中也明確了，根據(jù)《關于土地使用者將土地使用權歸還給土地所有者行為營業(yè)稅問題的通知》(國稅函2008277號)規(guī)定，納稅人將土地使用權歸還給土地所有者時，只要出具縣級(含)以上地方人民政府收回土地使用權的式文件，無論支付征地補償費的資金來源是否為政府財政資金，該行為均屬于土地使用者將土地使用權歸還給土地所有者的行為，按照《國家稅務總局關于印發(fā)〈營業(yè)稅稅目注釋(試行稿)〉的通知》(國稅發(fā)1993149號)規(guī)定，不征收營業(yè)稅。根據(jù)《土地管理法》規(guī)定，征用土地的補償費用包括土地補償費、安置補助費、地上附著物和青苗補償費。由此可見，青苗補償費不征收營業(yè)稅。所以，青苗補償費過渡到增值稅后沒有任何爭議。

2、爭議在于對于地上建筑物、構(gòu)筑物的補償是否需要按照銷售不動產(chǎn)征稅。對于這個問題，在營業(yè)稅時代實際就有兩種觀點。第一種觀點是“房隨地走”，如果是國家征收土地，土地使用權已經(jīng)收歸國有，自然就不存在針對房屋、構(gòu)筑物的補償屬于銷售不動產(chǎn)行為，也就不征收營業(yè)稅。第二種觀點是，如果縣級以上人民政府或國土部分收回土地，對于土地補償不征收營業(yè)稅，但是對于地上房屋補償(注銷房產(chǎn)證)、地上構(gòu)筑物、附著物補償仍應該按照銷售不動產(chǎn)征收營業(yè)稅。這個延續(xù)到增值稅時代還是存在。有些地方稅務機關認為，土地政府收回，給予的地上建筑物、構(gòu)筑物、設備的補償不需要征收增值稅。但也有地方認為，這里要分別按照建筑物、構(gòu)筑物和設備分別征收增值稅。

今年，財政部 稅務總局公告2020年第40號把上述爭議全部消除了：土地所有者依法征收土地，并向土地使用者支付土地及其相關有形動產(chǎn)、不動產(chǎn)補償費的行為，屬于《營業(yè)稅改征增值稅試點過渡政策的規(guī)定》(財稅〔2016〕36號印發(fā))第一條第(三十七)項規(guī)定的土地使用者將土地使用權歸還給土地所有者的情形。

那按照40號公告的規(guī)定，只要是土地所有者依法征收土地，給予土地使用人土地、有形動產(chǎn)(設備、貨物等)和不動產(chǎn)的補償都可以免征增值稅。

這里，第一個問題需要注意的是，財稅〔2016〕36號對于土地使用者將土地使用權歸還給土地所有者的情形不是給予的“不征收增值稅”待遇，而是給予的“免征增值稅”的待遇。那土地使用權將土地使用權歸還土地所有人時，涉及不動產(chǎn)、有形動產(chǎn)補償免增值稅，那是否需要進項稅轉(zhuǎn)出呢?如果按照規(guī)定，這個就需要按規(guī)定進行進項稅轉(zhuǎn)出。其中，涉及貨物的部分，應該按照貨物原始購進環(huán)節(jié)抵扣的進項稅在取得補償時轉(zhuǎn)出。而對于設備和不動產(chǎn)，則需要按照財稅〔2016〕36號的規(guī)定，按照如下公式進行進項稅轉(zhuǎn)出：

不得抵扣的進項稅額=固定資產(chǎn)或者不動產(chǎn)凈值*適用稅率。這里不動資產(chǎn)或不動產(chǎn)凈值是指納稅人根據(jù)財務會計制度規(guī)定計提折舊或攤銷后的余額。

第二個更為關鍵的問題，就是對于補償支付主體的限定，以及40號公告和土地一級開發(fā)制度的銜接問題。如果按照40號公告的字面意思來看，在土地收回環(huán)節(jié)，只有土地所有者(政府)向土地使用權人支付的補償才免增值稅。但是，在實際操作中，具體運作拆遷補償?shù)牟⒎且欢ǘ际钦?。比如，根?jù)《國有土地上房屋征收與補償條例》第五條規(guī)定：房屋征收部門可以委托房屋征收實施單位，承擔房屋征收與補償?shù)木唧w工作。房屋征收實施單位不得以營利為目的。

也就是在立法規(guī)定中，也存在非政府，而是由第三方的房屋征收實施單位(比如承擔安居房建設的國有企業(yè)、拆遷代理公司)來實施拆遷補償發(fā)放工作，這里支付主體并非一定是政府。

同時，按照現(xiàn)在政策規(guī)定，很多土地要求凈地掛牌出讓。但是政府往往無資金墊付前期拆遷補償款。因此，土地一級開發(fā)模式也被廣泛采用。在操作模式上，政府首先發(fā)布某個區(qū)域的土地收回的公告，后期委托從事土地一級開發(fā)的公司進行土地一級開發(fā)(包括拆遷補償、三通一平、規(guī)劃設計等工作)，毛地轉(zhuǎn)為凈地后，政府出讓土地取得土地出讓金再和土地一級開發(fā)公司進行一級開發(fā)的收入結(jié)算，有按一級開發(fā)成本加上合理管理費和利潤模式結(jié)算，也有按照土地出讓收益的約定比例進行結(jié)算。那在這種模式下，向土地使用權人直接支付拆遷補償款的主體就不是政府，而是土地一級公司，這種情況能否適用40號公告呢，這就產(chǎn)生了爭議。