一、增值稅。《國家稅務總局關于取消增值稅扣稅憑證認證確認期限等增值稅征管問題的公告》(國家稅務總局公告2019年第45號)規定，納稅人取得的財政補貼收入，與其銷售貨物、勞務、服務、無形資產、不動產的收入或者數量直接掛鉤的，應按規定計算繳納增值稅。根據這個文件，我們需要抓住兩個關鍵詞銷售和數量。棚戶區改造資金專項用于支持城市棚戶區改造項目，包括城市棚戶區改造項目中的征收、安置房建設(購買)和相關配套基礎設施建設等支出。簡而言之，該專項資金是棚改項目的建設資金，與銷售無關，不適用國家稅務總局公告2019年第45號的規定，不需要繳納增值稅。

　　二、企業所得稅。根據財稅201170號文規定：凡同時符合以下條件的，可以作為不征稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除：(一)企業能夠提供規定資金專項用途的資金撥付文件;(二)財政部門或其他撥付資金的政府部門對該資金有專門的資金管理辦法或具體管理要求;(三)企業對該資金以及以該資金發生的支出單獨進行核算。財綜〔2012〕60號《中央補助城市棚戶區改造專項資金管理辦法》明確了該資金專門的資金管理辦法或具體管理要求;即滿足財稅201170號文不征稅收入第二條規定;如果房地產開發企業對棚改專項資金進行了專門核算，即滿足財稅201170號文不征稅收入第三條規定。因此，棚改專項資金屬于不征稅收入。同時，由于棚改專項資金屬于不征稅收入，在5年(60個月)內未發生支出且為繳回財政部門或其他撥付資金的政府部門的部分，應計入取得該資金第六年的應收收入總額;如果將棚改專項資金計入應稅收入，則財政性資金發生的支出，允許在計算應納稅所得額時扣除。

　　三、土地增值稅。首先，根據《中人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》第五條條例第二條所稱的收入，包括轉讓房地產的全部價款及有關的經濟收益。棚戶區改造資金專項用于支持城市棚戶區改造項目，包括城市棚戶區改造項目中的征收、安置房建設(購買)和相關配套基礎設施建設等支出，與轉讓房地產沒有任何關系，所以不存在并入土地增值稅應稅收入的說法。其次，雖然棚戶區改造專項資金是用于城市棚戶區改造項目中的征收、安置房建設(購買)和相關配套基礎設施建設等支出，棚戶區改造項目中的征收、安置房建設(購買)和相關配套基礎設施建設等支出組成房地產的開發成本，但在計算土地增值稅時，是否應當扣除棚戶區改造專項資金?目前尚無明確規定，如果說從開發成本中扣除，對房地產企業來說無疑是一個極大的打擊。

　　四、會計處理。棚戶區改造專項資金實行專款專用的財政性資金，具體會計處理如下：

　　1.公司收到撥款時，借記銀行存款科目，貸記專項應付款科目。

　　2.撥款使用時，借記開發成本等科目，貸記銀行存款等科目。

　　3.撥款項目完成后，形成各項資產的部分，應按實際成本，借記開發產等科目，貸記開發成本等科目;同時按形成資產的價值，借記專項應付款科目，貸記資本公積撥款轉入科目。