一、申請(qǐng)時(shí)間細(xì)化

39號(hào)公告規(guī)定了納稅人應(yīng)在增值稅納稅申報(bào)期內(nèi)，向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申請(qǐng)退還留抵稅額。

20號(hào)公告進(jìn)一步明確：

納稅人申請(qǐng)辦理留抵退稅，應(yīng)于符合留抵退稅條件的次月起，在增值稅納稅申報(bào)期（以下稱申報(bào)期）內(nèi)，完成本期增值稅納稅申報(bào)后，通過(guò)電子稅務(wù)局或辦稅服務(wù)廳提交《退（抵）稅申請(qǐng)表》。即從符合留抵退稅條件的次月起，并非必須在次月納稅申報(bào)期內(nèi)完成。

案例1：某增值稅一般納稅人，2019年4月至9月連續(xù)6個(gè)月符合退稅條件，可以是在10月申報(bào)期完成9月納稅申報(bào)后，也可以在11月或以后月份的申報(bào)期完成本期增值稅納稅申報(bào)后，通過(guò)電子稅務(wù)局或辦稅服務(wù)廳提交《退（抵）稅申請(qǐng)表》。

二、與免抵退稅的銜接

39號(hào)公告規(guī)定，納稅人出口貨物勞務(wù)、發(fā)生跨境應(yīng)稅行為，適用免抵退稅辦法的，辦理免抵退稅后，仍符合規(guī)定條件的，可以申請(qǐng)退還留抵稅額；適用免退稅辦法的，相關(guān)進(jìn)項(xiàng)稅額不得用于退還留抵稅額。即兩者辦理的先后順序是先免抵退稅后留抵退稅。

20號(hào)公告進(jìn)一步明確了：

1.納稅人出口貨物勞務(wù)、發(fā)生跨境應(yīng)稅行為，適用免抵退稅辦法的，可以在同一申報(bào)期內(nèi)，既申報(bào)免抵退稅又申請(qǐng)辦理留抵退稅。

2.申請(qǐng)辦理留抵退稅的納稅人，出口貨物勞務(wù)、跨境應(yīng)稅行為適用免抵退稅辦法的，應(yīng)當(dāng)按期申報(bào)免抵退稅。當(dāng)期可申報(bào)免抵退稅的出口銷售額為零的，應(yīng)辦理免抵退稅零申報(bào)。

3.納稅人既申報(bào)免抵退稅又申請(qǐng)辦理留抵退稅的，稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)先辦理免抵退稅。辦理免抵退稅后，納稅人仍符合留抵退稅條件的，再辦理留抵退稅。

4.納稅人在同一申報(bào)期既申報(bào)免抵退稅又申請(qǐng)辦理留抵退稅的，或者在納稅人申請(qǐng)辦理留抵退稅時(shí)存在尚未經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)核準(zhǔn)的免抵退稅應(yīng)退稅額的，應(yīng)待稅務(wù)機(jī)關(guān)核準(zhǔn)免抵退稅應(yīng)退稅額后，按最近一期《增值稅納稅申報(bào)表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額，扣減稅務(wù)機(jī)關(guān)核準(zhǔn)的免抵退稅應(yīng)退稅額后的余額確定允許退還的增量留抵稅額。

稅務(wù)機(jī)關(guān)核準(zhǔn)的免抵退稅應(yīng)退稅額,是指稅務(wù)機(jī)關(guān)當(dāng)期已核準(zhǔn)，但納稅人尚未在《增值稅納稅申報(bào)表（一般納稅人適用）》第15欄“免、抵、退應(yīng)退稅額”中填報(bào)的免抵退稅應(yīng)退稅額。

案例2：某生產(chǎn)型出口企業(yè)適用增值稅免抵退稅辦法，征稅率13%，出口退稅率為13%，2019年9月單證、信息齊全的出口貨物銷售額120萬(wàn)元，內(nèi)銷貨物不含稅銷售額為80萬(wàn)元，國(guó)內(nèi)購(gòu)進(jìn)一批原材料，增值稅專用發(fā)票上注明的價(jià)款為1000萬(wàn)元，增值稅額為130萬(wàn)元，上期留抵稅額為0。假設(shè)該企業(yè)3月期末留抵稅額為0，4-9月符合留抵退稅條件，進(jìn)項(xiàng)構(gòu)成比例為90%，2019年10月15日申報(bào)免抵退稅又申請(qǐng)辦理留抵退稅，于2019年11月5日，免抵退稅應(yīng)退稅額經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)核準(zhǔn)，2019年10月的期末留抵稅額為130萬(wàn)元。

解析：2019年9月所屬期免抵退稅額=120×13%=15.6（萬(wàn)元）

2019年9月應(yīng)納增值稅額=80×13%-130=10.4-130=-119.6萬(wàn)元

當(dāng)期應(yīng)退稅額15.6萬(wàn)元

9月期末留抵稅額為119.6萬(wàn)元。

計(jì)算允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進(jìn)項(xiàng)構(gòu)成比例×60%=119.6×90%×60%=64.58萬(wàn)元。

2019年11月5日，稅務(wù)機(jī)關(guān)核準(zhǔn)免抵退稅應(yīng)退稅額15.6萬(wàn)元，自免抵退稅應(yīng)退稅額核準(zhǔn)之日起10日內(nèi)，假設(shè)11月12日稅務(wù)機(jī)關(guān)完成留抵退稅審核，應(yīng)按最近一期即10月《增值稅納稅申報(bào)表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額130萬(wàn)元，扣減稅務(wù)機(jī)關(guān)核準(zhǔn)的免抵退稅應(yīng)退稅額15.6后的余額114.4萬(wàn)元確定允許退還的增量留抵稅額為64.58萬(wàn)元。

5.在納稅人辦理增值稅納稅申報(bào)和免抵退稅申報(bào)后、稅務(wù)機(jī)關(guān)核準(zhǔn)其免抵退稅應(yīng)退稅額前，核準(zhǔn)其前期留抵退稅的，以最近一期《增值稅納稅申報(bào)表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額，扣減稅務(wù)機(jī)關(guān)核準(zhǔn)的留抵退稅額后的余額，計(jì)算當(dāng)期免抵退稅應(yīng)退稅額和免抵稅額。

稅務(wù)機(jī)關(guān)核準(zhǔn)的留抵退稅額,是指稅務(wù)機(jī)關(guān)當(dāng)期已核準(zhǔn)，但納稅人尚未在《增值稅納稅申報(bào)表附列資料（二）（本期進(jìn)項(xiàng)稅額明細(xì)）》第22欄“上期留抵稅額退稅”填報(bào)的留抵退稅額。

案例3：某企業(yè)2019年4-9月符合留抵退稅相關(guān)條件，9月所屬期可申報(bào)免抵退稅的出口銷售額為零，已按規(guī)定辦理了免抵退稅零申報(bào)。2019年11月4日通過(guò)電子稅務(wù)局或辦稅服務(wù)廳提交《退（抵）稅申請(qǐng)表》如下圖。

二、留抵退稅

申請(qǐng)退稅前36個(gè)月未發(fā)生騙取留抵退稅、出口退稅或虛開(kāi)增值稅專用發(fā)票情形 是r 否□

申請(qǐng)退稅前36個(gè)月未因偷稅被稅務(wù)機(jī)關(guān)處罰兩次及以上 是r 否□

自2019年4月1日起未享受即征即退、先征后返（退）政策 是r 否□

出口貨物勞務(wù)、發(fā)生跨境應(yīng)稅行為，適用免抵退稅辦法 是r 否□

連續(xù)六個(gè)月（按季納稅的，連續(xù)兩個(gè)季度）增量留抵稅額均大于零的起止時(shí)間 2019年4月至2019年9月

本期已申報(bào)免抵退稅應(yīng)退稅額 10萬(wàn)

2019年4月至申請(qǐng)退稅前一稅款所屬期已抵扣的增值稅專用發(fā)票（含稅控機(jī)動(dòng)車銷售統(tǒng)一發(fā)票）注明的增值稅額 100萬(wàn)

2019年4月至申請(qǐng)退稅前一稅款所屬期已抵扣的海關(guān)進(jìn)口增值稅專用繳款書(shū)注明的增值稅額 0

2019年4月至申請(qǐng)退稅前一稅款所屬期已抵扣的解繳稅款完稅憑證注明的增值稅額 0

2019年4月至申請(qǐng)退稅前一稅款所屬期全部已抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額 100萬(wàn)

本期申請(qǐng)退還的增量留抵稅額 36萬(wàn)

同時(shí)，該企業(yè)于2019年11月8日辦理了10月的納稅申報(bào)和免抵退稅申報(bào)，10月留抵稅額為70萬(wàn)元。

稅務(wù)機(jī)關(guān)于2019年11月10日完成留抵退稅審核，并向其出具準(zhǔn)予留抵退稅的《稅務(wù)事項(xiàng)通知書(shū)》準(zhǔn)予退還9月的增量留抵稅額36萬(wàn)元。

此時(shí)企業(yè)尚未在《增值稅納稅申報(bào)表附列資料（二）（本期進(jìn)項(xiàng)稅額明細(xì)）》第22欄“上期留抵稅額退稅”填報(bào)的留抵退稅額36萬(wàn)元，應(yīng)以最近一期2019年10月《增值稅納稅申報(bào)表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額70萬(wàn)，扣減稅務(wù)機(jī)關(guān)核準(zhǔn)的留抵退稅額后36萬(wàn)的余額34萬(wàn)元，計(jì)算當(dāng)期免抵退稅應(yīng)退稅額和免抵稅額。

三、新明確稅務(wù)機(jī)關(guān)審核確認(rèn)

20號(hào)公告明確，稅務(wù)機(jī)關(guān)按照“窗口受理、內(nèi)部流轉(zhuǎn)、限時(shí)辦結(jié)、窗口出件”的原則辦理留抵退稅。稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)納稅人是否符合留抵退稅條件、當(dāng)期允許退還的增量留抵稅額等進(jìn)行審核確認(rèn)，并將審核結(jié)果告知納稅人。分以下幾種情形：

（一）稅務(wù)機(jī)關(guān)在辦理留抵退稅期間，發(fā)現(xiàn)符合留抵退稅條件的納稅人存在以下情形，暫停為其辦理留抵退稅(以下簡(jiǎn)稱暫停辦理留抵退稅情形）

1.存在增值稅涉稅風(fēng)險(xiǎn)疑點(diǎn)的；

2.被稅務(wù)稽查立案且未結(jié)案的；

3.增值稅申報(bào)比對(duì)異常未處理的；

4.取得增值稅異常扣稅憑證未處理的；

5.國(guó)家稅務(wù)總局規(guī)定的其他情形。

如上述增值稅涉稅風(fēng)險(xiǎn)疑點(diǎn)等情形已排除，且相關(guān)事項(xiàng)處理完畢后，按以下規(guī)定辦理：

1.納稅人仍符合留抵退稅條件的，稅務(wù)機(jī)關(guān)繼續(xù)為其辦理留抵退稅，并自增值稅涉稅風(fēng)險(xiǎn)疑點(diǎn)等情形排除且相關(guān)事項(xiàng)處理完畢之日起5個(gè)工作日內(nèi)完成審核，向納稅人出具準(zhǔn)予留抵退稅的《稅務(wù)事項(xiàng)通知書(shū)》。

2.納稅人不再符合留抵退稅條件的，不予留抵退稅。稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)自增值稅涉稅風(fēng)險(xiǎn)疑點(diǎn)等情形排除且相關(guān)事項(xiàng)處理完畢之日起5個(gè)工作日內(nèi)完成審核，向納稅人出具不予留抵退稅的《稅務(wù)事項(xiàng)通知書(shū)》。

稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)發(fā)現(xiàn)的增值稅涉稅風(fēng)險(xiǎn)疑點(diǎn)進(jìn)行排查的具體處理時(shí)間，由各省（自治區(qū)、直轄市和計(jì)劃單列市）稅務(wù)局確定。

3.稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)增值稅涉稅風(fēng)險(xiǎn)疑點(diǎn)進(jìn)行排查時(shí)，發(fā)現(xiàn)納稅人涉嫌騙取出口退稅、虛開(kāi)增值稅專用發(fā)票等增值稅重大稅收違法行為的，終止為其辦理留抵退稅，并自作出終止辦理留抵退稅決定之日起5個(gè)工作日內(nèi)，向納稅人出具終止辦理留抵退稅的《稅務(wù)事項(xiàng)通知書(shū)》。

稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)納稅人涉嫌增值稅重大稅收違法行為核查處理完畢后，納稅人仍符合留抵退稅條件的，可按照本公告的規(guī)定重新申請(qǐng)辦理留抵退稅。

（二）納稅人符合留抵退稅條件且不存在暫停辦理留抵退稅情形的，稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)自受理留抵退稅申請(qǐng)之日起10個(gè)工作日內(nèi)完成審核，并向納稅人出具準(zhǔn)予留抵退稅的《稅務(wù)事項(xiàng)通知書(shū)》。納稅人既申報(bào)免抵退稅又申請(qǐng)辦理留抵退稅的，上述10個(gè)工作日，自免抵退稅應(yīng)退稅額核準(zhǔn)之日起計(jì)算。

(三）納稅人不符合留抵退稅條件的，不予留抵退稅。稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)自受理留抵退稅申請(qǐng)之日起10個(gè)工作日內(nèi)完成審核，并向納稅人出具不予留抵退稅的《稅務(wù)事項(xiàng)通知書(shū)》。

四、增量留抵稅額的確認(rèn)

39號(hào)公告規(guī)定，增量留抵稅額，是指與2019年3月底相比新增加的期末留抵稅額。納稅人當(dāng)期允許退還的增量留抵稅額，按照以下公式計(jì)算：

允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進(jìn)項(xiàng)構(gòu)成比例×60%

進(jìn)項(xiàng)構(gòu)成比例，為2019年4月至申請(qǐng)退稅前一稅款所屬期內(nèi)已抵扣的增值稅專用發(fā)票（含稅控機(jī)動(dòng)車銷售統(tǒng)一發(fā)票）、海關(guān)進(jìn)口增值稅專用繳款書(shū)、解繳稅款完稅憑證注明的增值稅額占同期全部已抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額的比重。

20號(hào)公告進(jìn)一步明確了，納稅人在辦理留抵退稅期間發(fā)生下列情形的，按照以下規(guī)定確定允許退還的增量留抵稅額：

（一）因納稅申報(bào)、稽查查補(bǔ)和評(píng)估調(diào)整等原因，造成期末留抵稅額發(fā)生變化的，按最近一期《增值稅納稅申報(bào)表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額確定允許退還的增量留抵稅額。

案例4：某增值稅一般納稅人符合留抵退稅條件。2019年3月期末留抵為10萬(wàn)元，2019年9月期末留抵稅額68萬(wàn)元，進(jìn)項(xiàng)構(gòu)成比例為90%。分以下幾種情形：

1.假設(shè)該企業(yè)2019月10月申報(bào)期申請(qǐng)退還留抵稅額：

該企業(yè)允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進(jìn)項(xiàng)構(gòu)成比例×60%=58×90%×60%=31.32萬(wàn)元。

2.假設(shè)該企業(yè)2019月11月申報(bào)期申請(qǐng)退還10月的留抵稅額：

2019年10月，銷項(xiàng)稅額56萬(wàn)，進(jìn)項(xiàng)稅額10萬(wàn)，上期留抵稅額68萬(wàn)，期末留抵稅額為22萬(wàn)元。

則該企業(yè)屬于因納稅申報(bào)造成期末留抵稅額發(fā)生變化的，按最近一期《增值稅納稅申報(bào)表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額確定允許退還的增量留抵稅額為22萬(wàn)元。

企業(yè)取得退還的留抵稅額后，應(yīng)相應(yīng)調(diào)減當(dāng)期留抵稅額，2019年10月的期末留抵由22萬(wàn)元變?yōu)?。

借：銀行存款 220000

貸：應(yīng)交稅費(fèi)——應(yīng)交增值稅（進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出） 220000

（二）納稅人在同一申報(bào)期既申報(bào)免抵退稅又申請(qǐng)辦理留抵退稅的，或者在納稅人申請(qǐng)辦理留抵退稅時(shí)存在尚未經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)核準(zhǔn)的免抵退稅應(yīng)退稅額的，應(yīng)待稅務(wù)機(jī)關(guān)核準(zhǔn)免抵退稅應(yīng)退稅額后，按最近一期《增值稅納稅申報(bào)表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額，扣減稅務(wù)機(jī)關(guān)核準(zhǔn)的免抵退稅應(yīng)退稅額后的余額確定允許退還的增量留抵稅額。

稅務(wù)機(jī)關(guān)核準(zhǔn)的免抵退稅應(yīng)退稅額,是指稅務(wù)機(jī)關(guān)當(dāng)期已核準(zhǔn)，但納稅人尚未在《增值稅納稅申報(bào)表（一般納稅人適用）》第15欄“免、抵、退應(yīng)退稅額”中填報(bào)的免抵退稅應(yīng)退稅額。

舉例見(jiàn)案例2

（三）納稅人既有增值稅欠稅，又有期末留抵稅額的，按最近一期《增值稅納稅申報(bào)表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額，抵減增值稅欠稅后的余額確定允許退還的增量留抵稅額。

案例5：某增值稅一般納稅人符合留抵退稅條件。2019年3月期末留抵為10萬(wàn)元，2019年9月期末留抵稅額68萬(wàn)元，進(jìn)項(xiàng)構(gòu)成比例為90%。該企業(yè)2019月10月申報(bào)期申請(qǐng)退還留抵稅額：

計(jì)算允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進(jìn)項(xiàng)構(gòu)成比例×60%=58×90%×60%=31.32萬(wàn)元。

假設(shè)經(jīng)稅務(wù)稽查，該企業(yè)2018年5月應(yīng)補(bǔ)繳增值稅50萬(wàn)元，企業(yè)因資金困難形成欠稅。

企業(yè)應(yīng)按最近一期《增值稅納稅申報(bào)表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額，抵減增值稅欠稅后的余額確定允許退還的增量留抵稅額，即允許退還的增量留抵稅額=2019年9月的期末留抵稅額68萬(wàn)-欠稅50萬(wàn)=18萬(wàn)元。

五、后續(xù)事項(xiàng)

39號(hào)公告規(guī)定，納稅人取得退還的留抵稅額后，應(yīng)相應(yīng)調(diào)減當(dāng)期留抵稅額。按照本條規(guī)定再次滿足退稅條件的，可以繼續(xù)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申請(qǐng)退還留抵稅額，但規(guī)定的連續(xù)期間，不得重復(fù)計(jì)算。以虛增進(jìn)項(xiàng)、虛假申報(bào)或其他欺騙手段，騙取留抵退稅款的，由稅務(wù)機(jī)關(guān)追繳其騙取的退稅款，并按照《中人民共和國(guó)稅收征收管理法》等有關(guān)規(guī)定處理。