根據國稅發20059號第三條規定，在一個納稅年度內，對每一個納稅人，全年一次性獎金等計算征收個人所得稅方法只允許采用一次。因此，該個人取得2020年發放的兩次年終獎只能有一次適用全年一次性獎金的計稅方法計算繳納個人所得稅。

　　另外，根據財稅2018164號第一條相關規定，2019-2021年期間，居民個人取得全年一次性獎金，也可以選擇并入到當年綜合所得繳納個人所得稅。

　　貴司第一次發放年終獎時是按照全年一次性獎金的計算方法繳納個人所得稅，那么可以選擇：

　　A、第二次發放年終獎時不能再適用全年一次性獎金計稅方法，并入到當月的工資薪金當中繳納個人所得稅。此做法，該個人做個稅匯算時，對此收入項目類型原則上不需要調整。

　　B、第二次發放年終獎仍然選擇全年一次性獎金計稅方法，則該個人在次年3-6月做個稅匯算時，需要至少將上述其中一次調整為綜合所得，重新匯算個稅。即保證全年一次性獎金的個稅計算方法一年內只用一次。

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　　相關規定：

　　《財政部關于個人所得稅法修改后有關優惠政策銜接問題的通知》（財稅2018164號）

　　一、關于全年一次性獎金、中央企業負責人年度績效薪金延期兌現收入和任期獎勵的政策

　　（一）居民個人取得全年一次性獎金，符合《國家稅務總局關于調整個人取得全年一次性獎金等計算征收個人所得稅方法問題的通知》（國稅發20059號）規定的，在2021年12月31日前，不并入當年綜合所得，以全年一次性獎金收入除以12個月得到的數額，按照本通知所附按月換算后的綜合所得稅率表（以下簡稱月度稅率表），確定適用稅率和速算扣除數，單獨計算納稅。計算公式為：

　　應納稅額＝全年一次性獎金收入×適用稅率－速算扣除數

　　居民個人取得全年一次性獎金，也可以選擇并入當年綜合所得計算納稅。

　　自2022年1月1日起，居民個人取得全年一次性獎金，應并入當年綜合所得計算繳納個人所得稅。

　　《國家稅務總局關于調整個人取得全年一次性獎金等計算征收個人所得稅方法問題的通知》（國稅發20059號）

　　三、在一個納稅年度內，對每一個納稅人，該計稅辦法只允許采用一次。
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