根據國家稅務總局公告2012年第20號文第一條的規定，可以選擇簡易辦法按照生物制品銷售額和3%的征收率計算繳納增值稅的是指取得（食品）藥品監督管理部門頒發的《藥品經營許可證》，獲準從事生物制品經營的藥品批發企業和藥品零售企業。

　　A公司在沒有取得《藥品經營許可證》的情況下，不屬于經獲準從事生物制品經營的藥品批發企業和藥品零售企業，不能按照3%的征收率繳納增值稅。因此，A公司不能按照簡易計稅適用3%增值稅征收率向醫院C開票。

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　　相關規定：

　　《國家稅務總局關于藥品經營企業銷售生物制品有關增值稅問題的公告》（國家稅務總局公告2012年第20號）

　　一、屬于增值稅一般納稅人的藥品經營企業銷售生物制品，可以選擇簡易辦法按照生物制品銷售額和3%的征收率計算繳納增值稅。

　　藥品經營企業，是指取得（食品）藥品監督管理部門頒發的《藥品經營許可證》，獲準從事生物制品經營的藥品批發企業和藥品零售企業。

　　二、屬于增值稅一般納稅人的藥品經營企業銷售生物制品，選擇簡易辦法計算繳納增值稅的，36個月內不得變更計稅方法。