內部控制審計對象在本質上應該在財務收支和有關經營管理活動這兩個大范圍內，但其具體的內容應該是什么還需討論。從內部控制系統的角度看，內部控制審計直接面對的是審計對象載體，即控制文件和控制信息資料，既包括控制財務收支方面的，又包括控制生產活動和其他經營活動方面的。這些載體所記載的內容就是內部控制審計的本質對象。但如果我們依照審計本質對象的一般概括即財務收支及與其有關的經營管理活動兩個方面，來分析那些載體所記載的具體內容，那就走入了誤區，因為內部控制審計是對專門針對內部控制展開的審計，而從內部控制結構或成分來看，對財務收支的控制和對有關經營管理的控制都是一樣的，都包括控制環境、控制活動或程序等等那些內容，從那兩方面分析很難得出理想的結論，這是其一;其二，如果把財務收支和相關經營管理活動看成是橫向的話，那么對它們實施的控制就處于縱向，而我們要審計的是縱向的控制，而不是橫向的財務收支和相關經營管理活動，因此我們要換個視角，從對它們的控制上來分析。

其他審計種類一般都要實施內部控制評價程序。對于評價內部控制這一特定審計程序，審計的焦點集中在內部控制上，這一點與內部控制審計相似，因此我們可以從中獲得有益的啟示。按照現代審計理論觀點，內部控制評價程序所評價的是內部控制“設計和執行的有效性”，上文提到的2000中國證監會發布的文件要求注冊會計師對上市公司的內部控制制度及風險管理系統的“完整性、合理性和有效性”進行評價。可以看出內部控制“設計和執行的有效性”，及“完整性、合理性和有效性”實際就各自的審計本質對象。從內部控制系統運行(包括它的生成)狀態角度出發，它們審計本質對象實際是通過分析內部控制系統運行可能出現的問題而歸納總結出來的，因此我們也可以依照來分析。

從上述內部控制目標可知，內部控制審計的第三層次目標是補充完善、再生內部控制和檢查督促內部控制執行。補充完善內部控制是因為：其一，經濟組織有些重要業務沒有設置控制，處于控制系統之外，說明內部控制還不健全，需要補充設計有效的控制完善內部控制;其二，對某些業務設計的控制本身不能有效地控制該業務，即使是徹底執行也難以達到控制目標，這是控制設計有效性有問題，需要修改以完善內部控制。再生內部控制是因為：其一，原來設計的控制能有效達到控制目標，但隨著內外部環境條件的變化，而使有效的控制變得無效，需要重新設計有效的控制;其二，隨著內外部環境條件的變化，經濟組織開始從事新的業務，由于新業務處在控制系統之外，使原來健全的內部控制變得不健全，需要設計新的有效控制加以控制。歸納起來，補充完善、再生內部控制都是因為內部控制設計的健全性和有效性可能有問題，需要通過審計來完善。檢查督促內部控制執行是因為內部控制可能沒有得到很好的執行，需要通過審計來了解和報告執行情況，督促執行。執行上可能存在問題，實際上也就是內部控制遵循上的問題，為統一起見，本文姑且稱之為“遵循性”有問題。從上述可知，內部控制可能在健全性、有效性和遵循性上出現問題。因此，比照現代審計理論確定的內部控制評價程序審計對象，在我國目前企業內部控制的現狀下，本文認為內部控制審計的本質對象是內部控制的健全性、有效性和遵循性。

綜上所述，內部控制審計作為載體的審計對象是控制文件與控制信息資料，其審計對象的本質是內部控制的健全性、有效性和遵循性。