首先，第一步是準備與策劃，主要工作有編制審核計劃;任命審核組長，指定審核員;準備檢查清單及審核用表等。

第二步就是實施，審核員到達受審核部門，通過提問、驗證、觀察進行質量管理體系運行客觀證據的收集，作好現場審核記錄。

第三步是審核結果評價，根據結果判斷審核內容是否符合標準或文件的規定。判定不合格項，編制不合格報告，并提交審核報告。

第四步制訂和確認糾措施，受審核部門針對審核中發現的不合格項制訂糾措施，審核員可以參加受審核部門對糾措施的討論和對有效性的評價。這一點與外部質量審核有較大的差異，外審員在審核時不能參與受審核方咨詢性的活動。

最后是改進與評價效果，受審核部門逐項落實糾措施，對采取的糾措施進行評價。審核員對前次審核中不合格項的糾措施是否有效進行審核，并提交報告。