分公司是總公司的分支機構，法律上并非完全獨立的法律主體，那么經營上是不是相對獨立的經營主體呢？實務中可能有兩種情況：

第一種情況，分公司只承擔某一項經營職能，如倉儲、營銷等單一職能，而不是全面從事經營活動的分支機構。

第二種情況，分公司獨立從事經營活動，通常承擔某一區域或者某一類型業務的經營活動，但即便如此，分公司也不是獨立的法律主體，不具有獨立承擔民事權利和民事義務的能力。因此嚴格來講，不能夠獨立對外簽署協議，應由總公司簽署協議，交由分公司負責實施。但實務中也出現諸多分公司直接簽署協議的情況，建議拿到總部授權簽署協議的手續。

二、分公司應當選擇獨立核算還是非獨立核算？

財務核算為業務活動服務，因此是獨立核算還是非獨立核算其實要看分支機構對于業務活動的職能。

嚴格來講，上文中第一種情況的分公司只是總公司某一個職能部門的延伸，并不從事獨立經營活動，因此也沒有自己的經營活動收入，無法獨立核算，通常采用非獨立核算，由總公司統一建賬，統一核算即可；

第二種情況的分公司相對獨立從事完整經營活動，有收入，有對應的成本費用，從內部管理的角度也自然應當獨立核算， 這樣需要單獨建賬，單獨開設分公司賬戶。

三、獨立核算和非獨立核算分公司實務中如何繳稅？

獨立核算分公司應單獨交納增值稅，同時所得稅按照稅法規定匯總繳納，但如果是跨省分公司會涉及分公司本地預交所得稅的情況。

非獨立核算分公司如果沒有完整經營活動，自然沒有收入，不涉及增值稅和所得稅問題，只需要將所花費成本并入總部核算即可。但實務中稅務機關通常認為既然已經設立了分公司，就是從事經營活動，就必須辦理稅務登記，同樣也必須按照稅法規定常申報納稅。具體規定詳見《國家稅務總局關于完善稅務登記管理若干問題的通知》（國稅發【2006】37號）。這給企業帶來了巨大困擾，使得實務中非獨立核算分公司變得非常尷尬。

四、不從事經營活動的分支機構究竟設立分公司還是辦事處？

再延伸一下來講，如果是不獨立從事經營活動的特殊機構比如異地設立的辦事處，是否可以不辦理工商登記？這個問題實務中依然爭議很大，市場監管總局最新的答復是：根據《公司法》、《公司法登記管理條例》，公司在其住所以外從事經營活動，應當成立分公司，分公司不具有法人資格。辦事處無需辦理營業執照。

這個答復的意思很明白，如果你是從事經營活動，必須設立分公司，至于是否獨立核算，市場監管總局并不關心。但設立了分公司就必須辦理稅務登記，稅務管理接踵而來。但如果企業認為外派機構并不從事經營活動，就可以不辦理分公司，而是自行設立辦事處即可，辦事處人員、費用均回到總部核算即可，那么自然也就不涉及稅務登記和稅款繳納。

總結：

1、分公司無論是否選擇獨立核算，均需要辦理工商登記和稅務登記，稅務機關也必然要求申報納稅，當然如果沒有經營和收入可以零申報；

2、異地外派部門如果并不從事獨立經營活動，不要選擇分公司模式，直接設立辦事處即可，不需要辦理工商和稅務登記；