退還的方式有兩種：一是通過登錄自然人電子稅務局（扣繳端）退付手續費核對菜單進行申請；另外一種是通過手工申請，到各地方的政務中心進行申請。

收到退還的手續費入賬處理分錄

借：銀行存款

貸：其他收益

應交稅費-銷項稅

例如：

一般納稅人增值稅率為9%，如果收到5000元的退還手續費，會計分錄如下:

借：銀行存款 5000

貸：其他收益 4587.16 （5000/1.09）

應交稅費-銷項稅 412.84 （5000/1.09*9%）

小規模納稅人增值稅率為3%（不考慮疫情國家給予的優惠政策1%），如果收到5000元的退還手續費，會計分錄如下:

借：銀行存款 5000

貸：其他收益 4854.37 （5000/1.03）

應交稅費-銷項稅 145.63 （5000/1.03*3%）