一、農產品流入企業(發票)

在探討購進農產品相關的稅收政策之前，我們先梳理一下農產品的流通環節，包括生產、批發和零售三個環節。而稅收政策對農業及農產品的優惠扶持，已經不是簡單的對農業生產者及特定的農產品進行優惠，更延伸到了農產品的各個流通環節。下文將通過分析每個環節中購買者和銷售者的經濟行為來闡述相應的稅收政策。

在生產環節：農產品從生產者流入批發商手中，從稅收政策上來說，對特定的納稅人，即對于銷售方(生產者)是農業生產者及農民專業合作社給予優惠政策——免征其銷售自產農產品(或本社成員生產的農業產品)的增值稅，這里的農業生產者具體是指直接從事植物的種植、收割和動物的飼養、捕撈的單位和個人;而對于購買方(批發商)，則需要取得相應的增值稅專用發票、海關進口增值稅專用繳款書、農產品收購發票或銷售發票。

在批發和流通環節：農產品從批發商流入零售商手中，又從零售商流入消費者手中。從稅收政策上來說，主要對銷售者銷售的特定的農產品及其特定環節給予優惠政策，即對在批發、零售環節銷售的蔬菜、部分鮮活肉蛋免征增值稅;而對于購買方來說，若購買蔬菜、部分鮮活肉蛋,則取得的是免稅的普通發票。

二、農產品流出企業(抵扣)

由于增值稅逐環節征稅、逐環節扣稅，每個環節都形成了抵扣鏈條，在鏈條尾端的消費者是增值稅的最終承擔者，所以稅收政策上需要對企業農產品的流出如何抵扣做出規定。對于企業購進的農產品，有以下幾種流出企業的途徑：

第一種途徑：企業自用。這種情況下，企業在稅法上屬于增值稅鏈條上的最終消費者，也是增值稅的最終承擔者，故對于購進農產品帶來的稅額，應自行承擔，無需進行抵扣。

第二種途徑：企業為農產品加工企業，將農產品加工為13%稅率的貨物再銷售。這種情況下，企業購進農產品是為了作為原材料，進一步加工為13%稅率的貨物，例如蔬菜罐頭。在稅收政策上的抵扣規定是加計扣除，即可允許抵扣的進項稅額為專票或銷售發票上注明的金額和10%扣除率計算的稅額，企業實際操作時應在購進時抵扣9%，在領用相關農產品時再加計扣除1%。

第三種途徑：企業為農產品加工企業，將農產品加工為9%或6%的貨物或服務再銷售，例如餐飲企業。在稅收政策上的抵扣規定是按照專票上的稅額或是農產品收購發票(或者銷售發票)上注明的農產品買價和9%的扣除率計算的進項稅額進行抵扣。

第四種途徑：企業為農產品加工企業，農產品既用于加工為13%貨物又用于生產銷售其他貨物服務。稅收政策上要求企業能夠分別核算，用于加工13%貨物的農產品可適用加計抵扣政策，用于生產銷售其他貨物服務的農產品則按照途徑3的方式進行抵扣。

第五種途徑：企業直接銷售購入的農產品，按照途徑3的抵扣方式進行抵扣。

第六種途徑：企業既在銷售農產品的同時又銷售其他增值稅應稅貨物，尤其是銷售蔬菜、鮮活肉蛋產品等免稅農產品。稅收政策上規定企業應分別核算銷售額才可享受相關免稅政策，未分別核算不可享受免稅政策。

第七種途徑：增值稅一般納稅人購進農產品，將其作為原材料加工生產銷售液體乳及乳制品、酒及酒精、植物油。稅收政策上規定其購進的農產品無論是否用于生產前述產品，都實施核定扣除。對于該企業購進的農產品，有以下幾種途徑：

其一：用于企業常的生產經營且不構成貨物實體。稅收政策上規定企業當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額=當期耗用農產品數量×農產品平均購買單價×13%/(1+13%)。

其中，平均購買單價是指購買農產品期末平均買價，不包括買價之外單獨支付的運費和入庫前的整理費用。

期末平均買價=(期初庫存農產品數量×期初平均買價+當期購進農產品數量×當期買價)/(期初庫存農產品數量+當期購進農產品數量)

其二：直接銷售。稅收政策上規定企業當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額=當期銷售農產品數量/(1-損耗率)×農產品平均購買單價×13%/(1+13%)。

損耗率=損耗數量/購進數量