企業所得稅季度預繳依據企業的不同情況有幾種方法，其中查賬征收企業中最為常見的是以實際利潤額進行預繳。

就目前來說，企業所得稅季度預繳按照《國家稅務總局關于修訂〈中人民共和國企業所得稅月(季)度預繳納稅申報表(a類，2018年版)〉等報表的公告》(國家稅務總局公告2020年第12號)執行。

對于查賬征收并按實際利潤額預繳企業所得稅的居民企業納稅人(以下除另有說明外均指這類預繳)來說，基本邏輯是：以納稅人按照國家統一會計制度規定核算的本年累計利潤總額為基礎，通過對“特定業務計算的應納稅所得額”“不征稅收入”“免稅收入、減計收入、所得減免等優惠金額”“資產加速折舊、攤銷(扣除)調減額”“彌補以前年度虧損”等規定項目按照規定進行調整之后的實際利潤額進行申報預繳。除此之外，除另有規定外，在預繳時并不需要給予調整。

《國家稅務總局關于加強企業所得稅預繳工作的通知》(國稅函〔2009〕34號)明確，根據《中人民共和國企業所得稅法》及其實施條例規定，除按實際利潤額預繳有困難的，可以采用規定方法之外，企業所得稅應當按照實際利潤額預繳。同時強調，為確保稅款足額及時入庫，各級稅務機關對納入當地重點稅源管理的企業，原則上應按照實際利潤額預繳方法征收企業所得稅。

《企業所得稅法》規定，企業所得稅分月或者分季預繳。企業應當自月份或者季度終了之日起十五日內，向稅務機關報送預繳企業所得稅納稅申報表，預繳稅款。企業應當自年度終了之日起五個月內，向稅務機關報送年度企業所得稅納稅申報表，并匯算清繳，結清應繳應退稅款。

在實務中，需要處理好企業所得稅預繳和匯算清繳的關系，按季預繳是一種平衡稅款入庫的手段，在稅前扣除的一些計算和判斷依據上，與年度稅前扣除的標準之間存在一定的不確定因素和時間性的影響，因此，除規定的允許預繳即享受的優惠調整等項目外，安排在匯算清繳時予以依法依規調整是合理的。企業應當按照國家統一會計制度規定準確核算的本年累計利潤總額，并以此為基礎，按照預繳申報規定，對預繳申報規定需要調整計算的項目進行調整之后，確預繳企業所得稅，對于其他項目存在的稅會差異(比如暫時性的需要后續跟進處理的不合規票據等)在預繳申報時并不必須調整，但在年度匯算清繳時如果仍無法給予補的，應一并進行納稅調整，清繳年度企業所得稅。