首先，抵扣進項稅額是增值稅一般計稅方法的計算原理，如果適用一般計稅方法，并符合抵扣條件，就可以進行抵扣。

那差額征稅又是怎么回事？

《財政部 國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅201636號）附件2第一條第（三）項第8小項規定：“試點納稅人提供旅游服務，可以選擇以取得的全部價款和價外費用，扣除向旅游服務購買方收取并支付給其他單位或者個人的住宿費、餐飲費、交通費、簽證費、門票費和支付給其他接團旅游企業的旅游費用后的余額為銷售額?！?/p>

《財政部 國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅201636號）附件2第一條第（三）項第11小項規定：“試點納稅人按照上述4－10款的規定從全部價款和價外費用中扣除的價款，應當取得符合法律、行政法規和國家稅務總局規定的有效憑證。否則，不得扣除?！{稅人取得的上述憑證屬于增值稅扣稅憑證的，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣?！?/p>

由此，可以看出，旅游服務的差額征稅，只是在計算銷售額時扣除了部分費用，仍然適用一般計稅方法，除了扣除的差額部分不得抵扣進項稅，其他的進項稅額仍然可以抵扣。

其次，關于開具專用發票。

《國家稅務總局關于修訂<增值稅專用發票使用規定>的通知》(國稅發2006156號)第二條規定：“專用發票是增值稅一般納稅人（以下簡稱一般納稅人）銷售貨物或者提供應稅勞務開具的發票，是購買方支付增值稅額并可按照增值稅有關規定據以抵扣增值稅進項稅額的憑證。”

《財政部 國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅201636號）附件2第一條第（三）項第8小項規定：“選擇上述辦法計算銷售額的試點納稅人，向旅游服務購買方收取并支付的上述費用，不得開具增值稅專用發票，可以開具普通發票。”

因此，旅游公司一般納稅人發生應稅行為是可以開具專用發票的，但是如果采取差額征稅，不能全額開具專用發票，對于向旅游服務購買方收取并支付的住宿費、餐飲費、交通費、簽證費、門票費和支付給其他接團旅游企業的旅游費用部分只能開具普通發票，不能開具專用發票。

例如，a企業是從事旅游服務的一般納稅人，選擇差額征稅。2018年5月共取得旅游收入43萬元，其中包含向其他單位支付的住宿費9.36萬元、餐飲費4.15萬元、交通費2.09萬元、門票費6.20萬元。a企業當月購進辦公家具，并取得專用發票，注明進項稅額1萬元。

這43萬旅游收入中，只能開具增值稅專用發票21.20萬元，其他的21.80萬元（9.36萬+4.15萬+2.09萬+6.20萬）只能開具普通發票。

銷項稅額=21.20÷（1+6%）×6%=1.2萬