一、農產品深加工行業進銷稅差由4%減少為3%

根據《公告》第二條：“納稅人購進用于生產或者委托加工13%稅率貨物的農產品，按照10%的扣除率計算進項稅額”。也就是說，對于農產品深加工行業，銷項稅率與扣除率的差為3%。

而在此之前，按照財稅201832號的第三條：“納稅人購進用于生產銷售或委托加工16%稅率貨物的農產品，按照12%的扣除率計算進項稅額”的規定，銷項稅率與扣除率的差為4%。

銷項稅率與扣除率的差減少，相應的應納稅額也會減少。應納稅額減少了，企業的利潤就會增加，這對農產品深加工行業是個利好。

　　二、允許納稅人申請退還增量留抵稅額對部分農產品初加工行業是個大利好

根據《公告》第一條：“增值稅一般納稅人（以下稱納稅人）發生增值稅應稅銷售行為或者進口貨物，原適用10%稅率的，稅率調整為9%”和第二條：“納稅人購進農產品，原適用10%扣除率的，扣除率調整為9%”。新政實施后，農產品初加工行業的稅率和扣除率都由10%降為9%。

《增值稅暫行條例》第八條第三款規定：“購進免稅農業產品準予抵扣的進項稅額，按照買價和10%的扣除率計算”。這個政策是非常優惠的，由于購買價不需倒算，直接乘以扣除率，所以很多毛利不高的農產品初加工企業進項稅長期大于銷項稅。

根據《公告》第八條：“自2019年4月1日起，試行增值稅期末留抵稅額退稅制度”的規定，對符合條件的納稅人，可以向主管稅務機關申請退還增量留抵稅額，對這部分進項稅長期大于銷項稅的企業是個利好。

例：某農產品初加工企業2019年4月購買某農產品1000噸，每噸買價9500元，經簡單處理后，該批農產品當月全部銷售完畢，每噸售價10000元（含稅），試計算當月應納稅額？

銷項稅額=10000×1000÷（1+9%）×9%=825688.07元

進項稅額=9500×1000×9%=855000元

應納稅額=825688.07-855000=-29311.93元

這意味著，該企業不但不用交稅，留抵稅額還增加了29311.93元。

當然，為簡化計算，上例僅是考慮了貨物流轉的進項和銷項，且進銷差較小的情況。在實踐中，實際進銷差可能會大一些（農產品的進銷差也不會太大），但也存在其他一些進項稅，如電費、日常開支的進項等，所以，在農產品初加工行業，進項稅長期大于銷項稅的企業是非常多的。