《中華人民共和國民法律通則》第44條規定，企業法人分立、合并或其他重要事項變更，應向登記機關辦理登記并公告。企業法人分立合并，其權利和義務由變更后的法人享有和承擔。但是，轉讓人也規定了債務問題應該事先通知受讓人。

如果受讓人在企業轉讓中購買了原公司的所有資產和債務，所有債務都應由受讓人承擔。轉讓人在企業轉讓時，購買了原企業的所有資產，但轉讓人隱瞞了原公司的債務問題，或者發現債務數量不清楚的情況下，所有的債務都應由轉讓人和轉讓人共同承擔。

綜上所述，雙方在簽訂公司轉讓協議書時，應協商這些問題，慎重處理。在公平公正的原則下，進行公司轉讓，不要讓雙方在如何處理公司轉讓債務的問題上發生沖突。