一、 投資主體不同

獨資企業 :一個人注冊開辦的企業，股權為100%。

合資企業 : 指有兩人或兩人以上共同出資注冊開辦的企業。

二、年度審計報告不同

個人獨資企業每年都要出審計報告，而合資企業不用出審計報告。

三、 帳務處理不同

1.資產負責表中表示所有者權益類科目的資本金不同：在個人獨資企業中資本金明細有一個,是一個姓名。在合資企業中資本金明細有兩個或兩個以上,是：國家、集體、個人(一個或一個以上人)姓名

四、 利潤分配形式不同

個人獨資企業是投資者個人自主經營,自負盈虧.

合資企業投資者(兩個或兩個以上的人)共同經營,按出資比例，分享成果，共擔風險.

五、 經營方式不同

個人獨資企業:是一個人投資獨立經營;

合資企業是兩個或兩個以上的投資主體合作經營。