之所以存在這樣的問題，主要是營改增之后，房地產開發企業中的一般納稅人銷售自行開發的房地產項目，適用一般計稅方法計稅的，采用了差額計稅的辦法，引起后續的差異困擾。

對于該問題的相關政策依據：

依據一：《財政部 國家稅務總局關于營改增后契稅 房產稅土地增值稅 個人所得稅計稅依據問題的通知》（財稅〔2016〕43號）

第三條 土地增值稅納稅人轉讓房地產取得的收入為不含增值稅收入。《中人民共和國土地增值稅暫行條例》等規定的土地增值稅扣除項目涉及的增值稅進項稅額，允許在銷項稅額中計算抵扣的，不計入扣除項目，不允許在銷項稅額中計算抵扣的，可以計入扣除項目。

依據二：《國家稅務總局關于發布<房地產開發企業銷售自行開發的房地產項目增值稅征收管理暫行辦法>的公告》（國家稅務總局公告2016年第18號）

第四條 房地產開發企業中的一般納稅人（以下簡稱一般納稅人）銷售自行開發的房地產項目，適用一般計稅方法計稅，按照取得的全部價款和價外費用，扣除當期銷售房地產項目對應的土地價款后的余額計算銷售額。銷售額的計算公式如下：

銷售額=（全部價款和價外費用-當期允許扣除的土地價款）÷（1+11%）

依據三：《中人民共和國土地增值稅暫行條例》（國務院令第138號）

第三條 土地增值稅按照納稅人轉讓房地產所取得的增值額和本條例第七條規定的稅率計算征收。

第四條 納稅人轉讓房地產所取得的收入減除本條例第六條規定扣除項目金額后的余額，為增值額。

第五條 納稅人轉讓房地產所取得的收入，包括貨幣收入、實物收入和其他收入。

第六條 計算增值額的扣除項目：

（一）取得土地使用權所支付的金額；

（二）開發土地的成本、費用；

（三）新建房及配套設施的成本、費用，或者舊房及建筑物的評估價格；

（四）與轉讓房地產有關的稅金；

（五）財政部規定的其他扣除項目。

依據四：《中人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》（財法字〔1995〕6號）

第五條規定，條例第二條所稱的收入，包括轉讓房地產的全部價款及有關的經濟收益。

第七條規定，條例第六條所列的計算增值額的扣除項目，具體為：

（一）取得土地使用權所支付的金額，是指納稅人為取得土地使用權所支付的地價款和按國家統一規定交納的有關費用。

（二）開發土地和新建房及配套設施（以下簡稱房地產開發）的成本，是指納稅人房地產開發項目實際發生的成本（以下簡稱房地產開發成本），包括土地征用及拆遷補償費、前期工程費、建筑安裝工程費、基礎設施費、公共配套設施費、開發間接費用。

土地征用及拆遷補償費，包括土地征用費、耕地占用稅、勞動力安置費及有關地上、地下附著物拆遷補償的凈支出、安置動遷用房支出等。

前期工程費，包括規劃、設計、項目可行性研究和水文、地質、勘察、測繪、“三通一平”等支出。

建筑安裝工程費，是指以出包方式支付給承包單位的建筑安裝工程費，以自營方式發生的建筑安裝工程費。

基礎設施費，包括開發小區內道路、供水、供電、供氣、排污、排洪、通訊、照明、環衛、綠化等工程發生的支出。

公共配套設施費，包括不能有償轉讓的開發小區內公共配套設施發生的支出。

開發間接費用，是指直接組織、管理開發項目發生的費用，包括工資、職工福利費、折舊費、修理費、辦公費、水電費、勞動保護費、周轉房攤銷等。

（三）開發土地和新建房及配套設施的費用（以下簡稱房地產開發費用），是指與房地產開發項目有關的銷售費用、管理費用、財務費用。

財務費用中的利息支出，凡能夠按轉讓房地產項目計算分攤并提供金融機構證明的，允許據實扣除，但最高不能超過按商業銀行同類同期貸款利率計算的金額。其他房地產開發費用，按本條（一）、（二）項規定計算的金額之和的5%以內計算扣除。

凡不能按轉讓房地產項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構證明的，房地產開發費用按本條（一）、（二）項規定計算的金額之和的10%以內計算扣除。

上述計算扣除的具體比例，由各省、自治區、直轄市人民政府規定。

（四）舊房及建筑物的評估價格，是指在轉讓已使用的房屋及建筑物時，由政府批準設立的房地產評估機構評定的重置成本價乘以成新度折扣率后的價格。評估價格須經當地稅務機關確認。

（五）與轉讓房地產有關的稅金，是指在轉讓房地產時繳納的營業稅、城市維護建設稅、印花稅。因轉讓房地產交納的教育費附加，也可視同稅金予以扣除。

（六）根據條例第六條（五）項規定，對從事房地產開發的納稅人可按本條（一）、（二）項規定計算的金額之和，加計20%的扣除。

依據五：《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發〔2006〕187號）：

四、土地增值稅的扣除項目

（一）房地產開發企業辦理土地增值稅清算時計算與清算項目有關的扣除項目金額，應根據土地增值稅暫行條例第六條及其實施細則第七條的規定執行。除另有規定外，扣除取得土地使用權所支付的金額、房地產開發成本、費用及與轉讓房地產有關稅金，須提供合法有效憑證；不能提供合法有效憑證的，不予扣除。

稅舟后語：

本身無論從增值稅差額征稅的角度、土地款全額從銷售額中扣除，還是從增值稅發票開具采用全額價稅分離方式、土地款類似于農產品虛擬抵扣方式操作，單純從單一方面的計算，其結果本身并沒有什么影響，但是，遇到其他方面的允許加計扣除等政策時，就會因為計算依據的不同出現了矛盾。兩種不同的計算方法對加計扣除的影響并不是小數目。

這種矛盾的根源在于：一方面，允許常開具增值稅專用發票，實現后續增值稅鏈條的完整性；另一方面，不（或者說不能）參照農產品的形式給予虛擬抵扣，而是采用了銷售額扣除的形式。如此，導致核算和計稅上的差異。通常較多說的是稅會差異，實際上稅稅差異也在擴大。