內部審計的主要職能是通過評價組織內部控制以揭示組織存在的問題和潛在風險，以促進組織更高效、更經濟地實現目標。風險，是內部審計活動中評價和評估的最為關鍵的因素之一。內部審計的相對獨立性為審計人員提供客觀、全面評價經濟活動的必要條件。

二、內部控制評價

內部審計人員評價內部控制的兩大方面：設計和執行，也就是健全性和有效性。健全的內部控制能夠以合理的成本充分保證組織目標的達成。有效的內部控制是指控制措施能夠得到良好地執行。

三、內部審計的三個問題

對于審計人員來說，應該經常分兩個層次問三個問題，第一個層次的問題是內部審計的定位是什么？發展規劃是什么？如何實現審計成果最大化；第二層次的問題是審計什么？如何審？審計目的是什么。

四、成本效益原則

內部審計也需要考慮成本效益原則，審計那些在既定成本下能給組織帶來最大效益或價值的業務領域。審計資源分配需要考慮的最主要因素是內部控制失效所帶來的風險，根據風險評估結果來進行審計資源的分配。

五、審計的威懾作用

即使內部審計不能發現所有的問題，但是組織里的管理人員知道經濟活動和行為將會被審計，也可能會被發現存在問題，從而促使管理人員遵守制度、改進工作、完善內控。

六、審計委員會

治理結構健全的組織，尤其是上市企業，都會設立審計委員會。審計委員會的成員往往會有外部董事，從理論上來說，增強了內部審計部門的相對獨立性。審計委員會與內部審計部門的關聯性越緊密，例如審計委員會決定內部審計部門負責人的選聘、審計人員薪資、指導業務開展、審批審計章程和政策等，內部審計部門的獨立性也就越強，審計報告的評價也更具客觀性。

七、內部審計和外部審計

理論上講，內部審計活動的范圍很廣，可以從整個組織延伸到經濟活動的各個方面。內部審計在組織中的地位越高，獲得的審計資源越充足，越能不斷地擴展審計業務和領域。而外部審計主要集中在財務會計系統以及對財務會計報表有直接或重要影響的組織活動。

八、內部審計部門的職責