一、零余額賬戶和基本賬戶的開立主體不同

零余額賬戶的開立主體是財政部門。

零余額賬戶是指：財政部門或財政部門為預算單位在商業銀行開設的用于辦理預算資金支付清算的賬戶，其日終余額在與設立在中央銀行的國庫單一賬戶清算后結零。

簡單地說，是財政部門為它自己或者是它的預算部門在商業銀行開立的賬戶。

而基本存款賬戶，是單位開立的。是只要有合法手續成立的單位（機關團體企事業單位等），只要發生經營活動，就可以開立基本存款賬戶。

二、零余額賬戶和基本賬戶的用途不一樣

零余額賬戶是國家財政向商業企業或者政府采購項目等的收款方支付款項時，并不是直接把資金交付給收款方，而是設立一個中間過渡的賬戶，進行資金清算。

舉例說明：某政府采購項目采購汽車，花了100萬元，按理，財政應該把資金直接支付給汽車公司，

但是，為了保證支付環節可控，賬務清楚，財政在某商業銀行為它自己或者自己的預算部門開立一個零余額賬戶，財政先向零余額賬戶下達支付指令，告訴它要向某汽車公司支付100萬元。

零余額賬戶在收到指令后，立即向汽車公司付款100萬元，回頭再向財政申請，把錢還給自己。

于是，財政把資金劃給零余額賬戶。此時，經歷過一付一收后，賬戶余額變成零，賬務也平了。

基本存款賬戶是一家單位（可以是企業事業單位或者其它單位）辦理轉賬結算和現金收付的主賬戶，這家單位的日常經營活動都可以通過基本賬戶辦理。

主要辦理轉賬結算、現金收付（和一般賬戶不同），以及發工資等各種經營有關的財務交易。

三、零余額賬戶和基本賬戶對賬戶及其余額的控制不一樣

財政零余額賬戶，是財政專門做資金清算用的，只有這一個用途，從名字上可以看出來，不可以有余額，每天晚上日終前必須清零，一分錢不可以留。

而基本存款賬戶并沒有這樣的強制要求，是企事業單位根據自己的經營情況決定賬戶余額留多少錢，由開立基本賬戶的單位自行把握。