答：如果臺灣公司在境內沒有分支機構或經營場所，向其支付的商標使用費為非居民企業取得來源于境外的所得，屬于特許權使用費。由非居民企業申報繳納企業所得稅，或者支付服務費的境內居民企業從其支付款項中扣繳企業所得稅；非居民企業如果需要享受稅收協定待遇的，應按《國家稅務總局關于印發〈非居民享受稅收協定待遇管理辦法（試行）〉的通知》（國稅發2009124號）相關規定辦理。

如果能在簽訂時按照下面的方式處理，境內企業則會最大限度地將特許權使用費在稅前扣除。即簽訂含稅合同。

境外機構為降低自身的稅務風險，簽訂協議時會力主簽訂包稅合同，合同中約定稅后金額，將所有由支付方代扣代繳的稅款，合同中約定全部由支付方承擔。

在將稅后收入換算成稅前收入時，要明確的是增值稅屬于價外稅，企業所得稅為價內稅，合同價款90萬元為既不含企業所得稅也不含增值稅的價格。

先計算出含稅的價款為90/(1-10%)=100萬元，該金額是包含企業所得稅的價格，但是不包含增值稅，特許權使用費增值稅稅率為6%，增值稅和企業所得稅的計稅基礎是一樣的。

因此，計算應代扣代繳的增值稅是100*6%=6萬元；代扣代繳的企業所得稅：100*10%=10萬元

最后，合同的簽訂價格是106萬，其中不含增值稅價格是100萬，增值稅款是6萬，代扣代繳企業所得稅是10萬，境內企業需要實際支付給臺灣企業的稅后凈所得是106-6-10=90萬元。和對方需求一致。

同時，最大的好處是境內公司可取得境外形式發票或證明為106萬，還可抵扣進項稅6萬。

提示大家的是，從2021年9月1日起，境內企業支付境外機構或個人的設計費，不再需要代扣代繳城建稅、教育費附加、地方教育費附加。支付方在代扣代繳增值稅的時候，不需要同步勾選以上附加稅費。