（一）研發項目前期財務規劃不及時，管理不完善

高新技術企業研發項目主要分為財政撥付資金科研項目、自主研發項目及委外研發項目，研發項目形式不同，其資金來源也有所不同。中小高新技術企業大多存在資源供應不足、業務單一、市場競爭力低等，研發項目前期缺少財務規劃，以致研發項目難以有效推進，影響企業經濟效益。高新技術企業運行的研發項目大多分成多個小項目進行，在操作實踐中，中小高新技術企業往往未對多個小項目從項目立項、項目預算進行逐一明確。

（二）研究與開發環節的界定標準模糊，導致研發費用資本化較難

新企業會計準則規定，企業在會計核算時應對項目所處的研究環節或開發環節進行區分，若無法合理區分，則應將所發生的研發支出全部費用化。研發環節的工作往往有交叉，通常是研究中附帶著研發，研發的進程又帶有研究，所以區分十分困難。由于新企業會計準則規定的研究、開發環節的界定標準模糊，對研發支出資本化條件非常嚴格，而高新技術企業財務人員受專業和技能限制，往往無法準確區分兩個環節的支出，為了簡化核算，財務人員通常將這兩個環節不加區分，直接將研發支出費用化。

（三）同時研發多個項目時無法準確歸集單個研發項目支出

在對研發費用的財務核算中，往往多個研發項目同時進行，有時將生產費用、研發費用、管理費用混為一體，無法確歸集研發費用。而高新技術企業要求按研發項目歸集研發費用，在實際操作中，大部分企業財務人員因沒有與研發部門深入溝通，無法確認具體的研發支出，只能通過東拼西湊的方式“湊”出研發費用。由于多項研發工作可能形成同種研發成果;失敗的研發項目也會形成部分階段性成果，并對其他項目產生影響;實際研發過程中，多項研發工作可能同時開展、同一研發人員可能同時從事多個研發項目、多個研發項目同時使用一項研發設備、一項設備可能既用于生產也用于研發等情況，致使高新技術企業財務人員無法準確歸集相應的單個項目的研發費用，因此各項研發項目的實際成本也就無法準確核算，更不可能很好地控制研發成本。

（四）財務管理人員組織架構簡單，財務管理工作不被重視

雖然中小高新技術企業意識到人才在企業生存與發展中的重要性，實踐中也重視人才的選拔和培養，但在具體的利潤分配中，往往向研發部、市場部、采購部傾斜，重生產、研發，輕財務，對財務人員的聘用和培養方面投入不足，財務人員待遇低下，漠視財務管理的重要性。實踐中，大部分中小高新技術企業重生產、研發，輕財務管理，財務人員配備簡單。很多企業認為財務的職能就是記記賬、報報稅，無法產生效益，所以不重視財務人員的配備。企業的財務人員往往沒有專業能力來按照會計制度的規定對研發費用進行歸集，沒有按研發項目進行分別核算。很多產值3000萬元以下的企業，僅配置一名出納及一名兼職會計，財務管理方面的投入甚少。

（五）財務管理方面欠缺激勵措施，財務人員專業素質低、穩定性差