在市場經濟條件下,商會的基本性質主要是非政府性和非營利性。首先,商會的非政府性是指它不具有法律授予的公共權力,在組織機構上與政府相分離,在職能上不附帶行政管理性質。其次,商會的非營利性是指它屬于在政府部門和營利部門(企業)之外的志愿團體、社會組織和民間協會。政府組織、社會組織和企業組織,是構成現代社會體系的三大支柱。

市場經濟的本質就是民營經濟。在市場經濟條件下,民間商會組織充當著政府與企業之間、企業與企業之間的粘和劑、潤滑劑,成為形成市場秩序的必要環節。在國際經濟社會中,民間商會往往作為一個國家某個行業利益的代表,有其政府組織無法取代的作用。

目前學界一般將民間商會看作一種經濟制度,從它具有的降低交易風險、減少交易成本、通過集體行動以培養成員誠信意識和克服成員機會主義行為等制度優勢角度,來論證商會對市場經濟和社會秩序形成所具有的影響。

事實上,民間商會從其生發的目的來看,首先是基于其經濟合理性,但這類組織一旦形成,其作用領域往往會拓展到政治社會各個領域,具有鮮明的政治性。進一步看,民間商會可以被視為并列于市場、企業、國家、非式網絡的第五種經濟治理組織,具有建立市場行為規范等重要的治理功能。

商會作為具獨立法人地位的社會組織,其性質是:一為組織自律性,二為互惠性,三為保護會員權益。商會的行為自律功能有別于政府的強制性調控功能和工商聯的監督引導功能,商會的互惠功能有別于政府的公共服務功能和工商聯的社會公益功能,商會的維權功能有別于政府的保護權利功能和工商聯的民主參政功能。

相比于市場經濟發達國家,我國商會在獲得較大發展的同時,也存在著比較明顯的差距。這主要因為我國的現代經濟體系建立時間不長,現代意義上的商會建立時間更短。商會的發展以經濟發展的程度為基礎,商會的進一步發展需要以經濟體系的進一步發展為前提。而商會對資源的集聚和利用、從業人員的專業水平、與政府打交道的能力和習慣也都需要逐步積累和改善。值得指出的是,我國商會的發展還存在著區域上的不平衡性,其中以浙江省溫州商會的發展最為引人注目。吳敬璉先生曾指出,溫州商會是“真的民間商會”。有學者更是認為,在我國,“除了溫州有幾家像樣的行業協會外,大量的行業協會都死而不僵或僵而不死。”

從我國商會發展呈現區域不平衡性可以看到,民間商會的發展和自主治理的空間具有較大的彈性。民間商會的發展與市場經濟的發育程度有著重要關聯,民間商會在東南沿海經濟發達地區的活躍程度遠比中西部地區大,但這種聯系并不是絕對和單一的,它還受經濟成分、文化傳統等因素的影響。