一、個人綜合所得應納稅額的計算。個人所得稅的征稅方式有三種，即一是按年計征，比如經營所得和個人綜合所得是按年計征個稅；二是按月計征；三是按次征收。個人綜合所得個人所得稅的征收方式是按年計征，即按月預繳個人所得稅，年終匯算清繳，多退少補。

個人所得稅綜合所得應納稅額的計算，主要分為兩個步驟，首先計算綜合收入，即工資、薪金所得全額計入收入總額；勞務報酬、特許權使用費所得的收入額為實際取得勞務報酬和特許權使用費收入的80%；稿酬所得的收入額在扣除20%費用的基礎上，再減按70%計算，即稿酬所得的收入額為實際取得稿酬收入方56%。

然后再計算綜合所得應納稅所得額，即個人綜合所得，以每一納稅年度的收入額減除費用60000元，以及專項扣除、專項附加扣除和其他扣除的余額為應納稅所得額。

綜合所得應納稅額的計算公式為，應納稅額=（全年收入總額-60000元-社保和公積金費用-專項附加扣除-其他扣除）*適用稅率-速算扣除數。

二、年終匯算清繳的相關規定。

個人綜合所得需要在年終辦理匯算清繳的納稅申報。按照稅法規定，個人取得綜合所得且符合下列情形之一的，需要辦理個人所得稅匯算清繳：一是從兩處以上取得綜合所得，而且綜合所得年收入額減除專項扣除后的余額超過60000元。二是取得勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得中一項或者多項所得，且年綜合所得年收入額減除專項扣除的余額超過60000元。三是納稅年度內預繳稅額低于應納稅額。四是納稅人申請退稅。

1、個人綜合所得年終匯算清繳的時限。需要辦理綜合所得匯算清繳的個人，應當在取得所得的次年3月1日至6月30日內，向任職、受聘單位所在地主管稅務機關辦理納稅申報，并報送《個人所得稅年度執行納稅申報表》。個人有兩處以上任職、受聘單位的，選擇向其中一處任職、受聘單位所在地主管稅務機關辦理納稅申報；個人沒有任職、受聘單位的，向戶籍所在地或經常居住地主管稅務機關辦理納稅申報。

2、綜合所得匯算清繳需要留存備查和報送的資料。個人辦理綜合所得匯算清繳，需要準備與收入、專項扣除、專項附加扣除和其他扣除、捐贈、享受稅收優惠等相關的資料，并按規定留存備查或報送。

3、個人綜合所得匯算清繳的退稅規定。個人辦理匯算清繳退稅或者扣繳義務人為納稅人辦理匯算清繳退稅的，稅務機關審核后，按照國庫管理機關的有關規定辦理退稅，個人在申請退稅時提供的匯算清繳信息錯誤時，稅務機關應告知個人進行更；更后，稅務機關應及時辦理退稅。個人申請退稅時，需要提供在中國境內開設的銀行賬戶，并在匯算清繳地就地辦理退稅。

需要說明的是，個人在辦理個人所得稅綜合所得年度匯算清繳時，其個人取得的綜合所得，年度綜合所得收入不超過12萬元，而且需要辦理匯算清繳補稅的，或者年度匯算清繳補稅金額不超過400元的，個人可以免于辦理個人所得稅綜合所得匯算清繳。