隨著“營改增”范圍不斷擴大，對稅收屬地管理原則的沖擊也將更大。跨地區經營建筑企業不再在勞務發生地申報納稅，改向其總機構所在地申報納稅，致使其稅收與稅源背離，總機構與勞務地爭奪稅源必然加劇另一輪稅收分配矛盾。

由于稅收管理方式的特殊性，匯總納稅企業同樣存在不少稅收風險。由于國、地稅兩部門對企業所得稅政策理解程度不一致、執法力度不相同、人員素質有差異、征管措施有區別、稅收收入壓力有差別，導致對同一地區企業所得稅管戶管理松緊不一、粗細不一，致使同一地區、同一行業企業所得稅稅負不一。同時，國、地稅征管模式存在差異，一方查賬征收，另一方核定征收。國稅機關對房地產企業所得稅實行查賬征收，地稅機關對土地增值稅清算實行查賬征收，征管方式的不一致導致了稅收流失風險的產生。

當前，在國、地稅共管企業所得稅體制下，由于企業所得稅與其他稅種的共生關系，以及國、地稅戶籍數據沒有實時共享，缺乏相互協調和配合，稅源管理手段薄弱，導致企業所得稅征管出現風險。地稅機關管理的營業稅，國稅機關無法核實營業收入，當企業少繳營業稅后就有少繳納企業所得稅風險;國稅機關管理的增值稅，地稅機關無法掌握銷售收入，當其少繳納增值稅后，就有少繳納城市維護建設稅、教育費附加等風險。也有地稅機關查處房產稅、土地使用稅等地方稅種后，企業未及時向國稅機關申請稅前扣除，導致多繳納企業所得稅的風險。

由于匯算清繳方式的特殊性，也導致匯總納稅企業存在一定稅收風險。隨著“法人企業”標準的變化，跨地區經營匯總納稅企業的稅收監管只監管到二級分支機構，但這些企業是不是分支機構，基本由總公司說了算。一些企業常常利用二級分支機構界定不明確逃避繳納稅款。有些匯總納稅企業總機構出于自身利益需要，經常向稅務機關開具假證明，或通過稅收籌劃人為調整分支機構層級，進而人為調節就地預繳稅款金額，將重要的生產或銷售分公司設置為三級或三級以下分支機構，在一定程度上逃避當地稅務機關的征管，獲取隱性稅收利益。

同時，現行匯總方式導致了一定的稅收風險。一方面，企業所得稅匯總納稅的主體是總機構，但需要分支機構的配合才能完成。在具體匯總方式上五花八門，不僅給匯總納稅企業總部的稅收管理帶來壓力，同時由于缺乏法定匯總依據，多樣性的匯總方式導致匯總納稅風險難以估量。另一方面，跨地區經營匯總納稅企業的復雜性和管理層級的龐大性，加上匯總平臺的缺失，使分公司的原始憑證是否合法，發票真偽及分公司對復雜特殊業務的處理是否確等都難以解決，加大了總公司集中匯總的風險，對總公司實行監管的稅務機關也帶來了很大壓力。