一、以貨幣性資金出資方式取得的股權，按照實際支付的價款與取得股權直接相關的合理稅費之和確認股權原值。以貨幣性資金出資方式取得股權最為常見，包括以貨幣性資金投資入股或貨幣性資金受讓的股權，均應當按照實際支付的價款和取得股權時繳納的合理稅費作為股權原值進行扣除。

應當注意：一是以貨幣資金投資入股，在投資未到位前發生的股權轉讓，其投資成本按照實際出資額確定。二是原始股東的股權原值是通過被投資企業賬面體現，一般反映在“實收資本”和“資本公積(股本溢價)”科目。也就是說，以貨幣出資，投資成本并非僅指計入實收資本部分，還應當包括計入資本公積的部分，都屬于股東所有者權益。股權原值還應當包括個人繳納的合理稅費。三是非原始股東的股權原值并不通過被投資企業賬面體現，其股權原值的合法憑據為雙方所簽訂的股權轉讓協議以及實際支付的價款等。

舉例：張三將持有的a公司的股權轉讓給李四，股權轉讓價為1000萬元，股權轉讓繳納印花稅5000元。則李四再次轉讓股權時，允許扣除的股權原值為1000.5萬元。

二、以非貨幣性資產出資方式的股權原值扣除應當區分情況。一般來說，個人以非貨幣性資產投資(不包括符合遞延納稅條件的技術成果投資)的，其“投資額”按照投資時非貨幣性資產經評估后的公允價值確認。這是因為《財政部 國家稅務總局關于個人非貨幣性資產投資有關個人所得稅政策的通知》(財稅〔2015〕41號)規定：個人以非貨幣性資產投資，屬于個人轉讓非貨幣性資產和投資同時發生。對個人轉讓非貨幣性資產的所得，應按照“財產轉讓所得”項目，依法計算繳納個人所得稅。以非貨幣性資產投資，在投資環節繳納個人所得稅，相應轉讓股權時，應當按照投資時非貨幣性資產經評估的公允價值確認“投資額”。但財稅〔2015〕41號出臺之前，個人以非貨幣性資產投資行為相關個人所得稅政策也經歷了一系列演變。如《國家稅務總局關于非貨幣性資產評估增值暫不征收個人所得稅的批復》(國稅函〔2005〕319號)規定，對個人將非貨幣性資產進行評估后投資于企業，其評估增值取得的所得在投資取得企業股權時，暫不征收個人所得稅;在投資收回、轉讓或清算股權時如有所得，再按規定征收個人所得稅，其財產原值為資產評估前的價值。該文件現已作廢。因此，在投資時未按照規定計征個人所得稅的，股權原值按照非貨幣性資產原值以及在非貨幣性資產投資過程中發生的與資產轉移相關的稅金及合理稅費確認。

個人以技術投資入股選擇遞延納稅的，股權原值扣除有所區別。按照《財政部 國家稅務總局關于完善股權激勵和技術入股有關所得稅問題的通知》(財稅〔2016〕101號)規定，個人以技術成果投資入股到境內居民企業，被投資企業支付的對價全部為股票(權)，選擇適用遞延納稅優惠政策。選擇技術成果投資入股遞延納稅政策的，經向主管稅務機關備案，投資入股當期可暫不納稅，允許遞延至轉讓股權時，按股權轉讓收入減去技術成果原值和合理稅費后的差額計算繳納所得稅。

三、通過無償讓渡方式取得股權，區分兩種情形分別確認股權原值：一是無償讓渡給配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓人承擔直接撫養或者贍養義務的撫養人或者贍養人轉讓股權時，按取得股權發生的合理稅費與原持有人的股權原值之和確認股權原值。之所以要追索到原持有人股權原值，這是因為在股權無償讓渡時，贈與人并未繳納個人所得稅，該所得是在本次轉讓時實現，并且該所得是由轉讓人取得，所以，扣除股權原值應當按照原持有人股權原值確認。二是不屬于上述關系無償讓渡的股權再轉讓，按照無償讓渡時股權的公允價值和取得股權時繳納的合理稅費作為股權原值進行扣除。雖然同屬于無償讓渡，雖然贈與人并未取得任何收入，但不屬于上述關系無償讓渡屬于價格明顯偏低而無當理由的情形，因為，在無償讓渡時，稅務機關將以無償讓渡時股權的公允價值確認股權轉讓收入，計算贈與人股權轉讓所得個人所得稅。所以，受贈人再轉讓該股權時，應當按照無償讓渡時股權的公允價值和取得股權時繳納的合理稅費作為股權原值進行扣除。

四、被投資企業以資本公積、盈余公積、未分配利潤轉增股本，個人股東已依法繳納個人所得稅的，以轉增額和相關稅費之和確認其新轉增股本的股權原值。根據《國家稅務總局關于原城市信用社在轉制為城市合作銀行過程中個人股增值所得應納個人所得稅的批復》(國稅函〔1998〕289號)第二條規定：“《國家稅務總局關于股份制企業轉增股本和派發紅股征免個人所得稅的通知》(國稅發〔1997〕198號)中所表述的‘資本公積金’是指股份制企業股票溢價發行收入所形成的資本公積金。將此轉增股本由個人取得的數額，不作為應稅所得征收個人所得稅。而與此不相符合的其他資本公積金分配個人所得部分，應當依法征收個人所得稅。”資本公積轉增資本,除由上市公司股票上市時形的股票溢價,無需交個稅外,其他以資本公積、盈余公積、未分配利潤轉增股本，在轉增環節視同分配、再投資，需要交納稅個人所得稅。所以，資本公積、盈余公積、未分配利潤轉增股本，個人股東已依法繳納個人所得稅的，以轉增額和相關稅費之和確認其新轉增股本的股權原值，反之沒有繳納個人所得稅的，應當相應從股權原值中扣除。

舉例：自然人以現金500萬投資一家股份制公司，該公司按照股權比例分別入股本10萬和資本公積490萬。之后，該公司將資本公積轉增股本，該自然人未就資本公積轉增資本200萬繳納個人所得稅。該公司后期被上市公司收購，該自然人將獲得股權予以轉讓。計算應扣除的投資成本為500萬元，而不能按照700萬扣除，理由是資本公積轉增股本未交個人所得稅。

五、量化資產給個人的股份。根據《國家稅務總局關于促進科技成果轉化有關個人所得稅問題的通知》(國稅發〔1999〕125號)的規定，科研機構、高等學校轉化職務科技成果以股份或出資比例等股權形式給予科技人員個人獎勵，經主管稅務機關審核后，暫不征收個人所得稅;獲獎人轉讓股權、出資比例，對其所得按“財產轉讓所得”應稅項目征收個人所得稅，財產原值為零。根據《國家稅務總局關于企業改組改制過程中個人取得的量化資產征收個人所得稅問題的通知》(國稅發〔2000〕60號)的規定，對職工個人以股份形式取得的僅作為分紅依據、不擁有所有權的企業量化資產，不征收個人所得稅;對職工個人以股份形式取得的擁有所有權的企業量化資產，暫緩征收個人所得稅;待個人將股份轉讓時，就其轉讓收入額，減除個人取得該股份時實際支付的費用支出和合理轉讓費用后的余額，按“財產轉讓所得”項目計征個人所得稅。

六、股權激勵方式取得股權成本的確認。根據《財政部 國家稅務總局關于完善股權激勵和技術入股有關所得稅問題的通知》(財稅〔2016〕101號)的規定，遞延納稅政策的非上市公司股票期權、股權期權、限制性股票和股權獎勵，股票(權)期權取得成本按行權價確定，限制性股票取得成本按實際出資額確定，股權獎勵取得成本為零。