一、免稅單位與納稅單位之間無償使用房產或土地

根據《國家稅務局關于印發〈關于土地使用稅若干具體問題的補充規定〉的通知》(國稅地字〔1989〕140號)文件第一條規定：“對免稅單位無償使用納稅單位的土地，免征土地使用稅，對納稅單位無償使用免稅單位的土地，納稅單位應照章繳納土地使用稅。”

而《財政部 稅務總局關于房產稅若干具體問題的解釋和暫行規定》(財稅地字〔1986〕8號)第十九條規定：“納稅人在辦理驗收手續前已使用或出租、出借的新建房屋，應按規定征收房產稅。”而《財政部 國家稅務總局關于房產稅城鎮土地使用稅有關問題的通知》(財稅〔2009〕128號)文件第一條規定：“無租使用其它單位房產的應稅單位和個人，按照房產余值代繳納房產稅。”

得出如下結論，免稅單位無償使用納稅單位的土地，該宗土地免稅單位與納稅單位均不需繳納，但是免稅單位無償使用納稅單位的房產，相當于納稅單位無償出借房屋，由于借入方是免稅單位，因此由納稅單位按照房產余值計征房產稅。

納稅單位無償使用免稅單位的土地，由納稅單位繳納土地使用稅，而納稅單位無償租入免稅單位的房產，則由納稅單位依照房產余值代繳納房產稅。

二、租用集體土地及廠房

根據《財政部 國家稅務總局關于集體土地城鎮土地使用稅有關政策的通知》(財稅〔2006〕56號)文件規定：“實際使用應稅集體所有建設用地，但未辦理土地使用權流轉手續的，由實際使用集體土地的單位和個人按規定繳納城鎮土地使用稅。”

假設租用某村集體土地上的廠房進行生產經營，則城鎮土地使用稅由承租單位繳納，但廠房的房產稅則由出租方繳納，因為房產稅由產權所有人繳納。

三、房地產企業占地與開發商品房

根據《財政部 國家稅務總局關于房產稅城鎮土地使用稅有關問題的通知》(財稅〔2008〕152號)文件第三條規定：“納稅人因房產、土地的實物權利狀態發生變化而終止房產稅城鎮土地使用稅納稅義務的，其應納稅款的計算應截止到房產土地的實物或權利狀態發生變化的當月末。”

因此房地產企業占地期間必須繳納城鎮土地使用稅，而其商品房作為存貨，在實物或權利狀態未發生改變時，不需要繳納房產稅。

四、地下建筑問題

根據《財政部 國家稅務總局關于房產稅城鎮土地使用稅有關問題的通知》(財稅〔2009〕128號)第四條規定：“對在城鎮土地使用稅征稅范圍內單獨建造的地下建筑用地，按規定征收城鎮土地使用稅。”可見如果是地下建筑與地上建筑連為一體的建筑物，則地下建筑占地無需申報繳納城鎮土地使用稅，如果繳納則與地面占地有重復征收之嫌。而根據《財政部 國家稅務總局關于具備房屋功能的地下建筑征收房產稅的通知》(財稅〔2005〕181號)則規定無論地下建筑是否與地上建筑連為一體，均需申報繳納房產稅。

五、融資租賃問題

根據《財政部 國家稅務總局關于房產稅城鎮土地使用稅有關問題的通知》(財稅〔2009〕128號)第三條規定：“融資租賃的房產，由承租人自融資租賃合同約定開始日的次月起依照房產余值繳納房產稅，合同未約定開始日的，由承租人自合同簽訂的次月起依照房產余值繳納房產稅。”可見融資租賃的房產由承租方繳納，那么融資租賃的土地呢?即分期付款，期滿后辦理土地使用權轉移手續，則應仍由擁有土地使用權的出租方申報繳納城鎮土地使用稅，除非擁有土地使用權的納稅人不在土地所在地的。

六、納稅期限