回溯既往，我國曾經在特定行業試行過類似的退稅辦法，相關政策散見于《財政部 國家稅務總局關于退還集成電路企業采購設備增值稅期末留抵稅額的通知》(財稅2011107號)、《財政部 國家稅務總局關于大型客機和新支線飛機增值稅政策的通知》(財稅2016141號)、《財政部 國家稅務總局關于利用石腦油和燃料油生產乙烯芳烴類產品有關增值稅政策的通知》(財稅201417號)等。而最近一次較大規模的留抵退稅政策，則是《財政部 稅務總局關于2018年退還部分行業增值稅留抵稅額有關稅收政策的通知》(財稅201870號)規定的針對裝備制造等先進制造業、研發等現代服務業和電網企業等特定對象的留抵退稅。39號公告的發布，將增值稅期末留抵稅額退稅制度擴大到所有企業，且沒有設定期限，即擬作為一項長效制度，在我國增值稅制度中無疑具有重要意義。

一、留抵稅額退稅的條件

納稅人必須同時符合以下條件，方可以向主管稅務機關申請退還增量留抵稅額：

1.符合增量留抵稅額的計算規則。自2019年4月稅款所屬期起，連續六個月(按季納稅的，連續兩個季度)增量留抵稅額均大于零，且第六個月增量留抵稅額不低于50萬元。所謂增量留抵稅額，是指與2019年3月底相比新增加的期末留抵稅額。從統計學的角度看，這屬于一個定基比較的計算規則。

例1：某企業2019年3月底存量留抵稅額為50萬元，當年4月底留抵稅額42萬元，5月份到10月份的留抵稅額分別為60萬元、55萬元、80萬元、70萬元、90萬元和120萬元。

從中可以看出，4月底雖然有留抵稅額，但無增量，應予以排除。5月份到10月份連續6個月的留抵稅額均大于3月底的留抵稅額，且10月底的留抵稅額比3月底的留抵稅額增加70萬元，超過了50萬元，因此符合申請退還增量留抵稅額的條件。

例中如果有任一月份的留抵稅額小于等于50萬元，都不符合規定的留抵退稅條件。如果連續6個月有增量留抵稅額，但是，在最后的10月底的留抵稅額增量小于50萬元，同樣不符合規定條件。所以，納稅人應該對該項政策實施后的進項稅額抵扣憑證的認證、申報進行合理籌劃，以滿足形成退稅的必要條件。

此外，39號公告還規定，有關“連續六個月”的期間不得重復計算。例1中，在10月份成功申請退還留抵稅額后，必須從當年11月份起重新觀察、計算是否又發生連續六個月增量留抵稅額均大于零，且第六個月增量留抵稅額不低于50萬元。假定11月份留抵稅額為130萬元，雖然超過了3月份的留抵稅額50萬元，但因為11月份不可以與之前的月份連續計算，因此，11月份不可申請留抵稅額退稅。

自2019年4月1日起，39號公告中還出臺實施兩項新政策，需要注意其與計算留抵稅額之間的關系。

第一個政策是：納稅人取得不動產或者不動產在建工程的進項稅額不再分2年抵扣。此前按照上述規定尚未抵扣完畢的待抵扣進項稅額，可自2019年4月稅款所屬期起從銷項稅額中一次性抵扣。那么，一次性轉入的待抵扣部分的不動產進項稅額，在當期形成留抵稅額的，可否用于計算增量留抵稅額呢?在國家稅務總局的相關政策解讀中是可以的。

39號公告中還規定了一個過渡性政策：自2019年4月1日至2021年12月31日，允許生產、生活性服務業納稅人按照當期可抵扣進項稅額加計10%，抵減應納稅額。請注意，這個加計抵減政策是直接抵減納稅人的應納增值稅額，它不是通過增加進項稅額方式來減稅的，所以，按照當期可抵扣進項稅額加計10%的金額不得用于計算增量留抵稅額。

2.對納稅人稅法遵從的規定。上述文件中要求納稅人的納稅信用等級為a級或者b級;申請退稅前36個月未發生騙取留抵退稅、出口退稅或虛開增值稅專用發票情形;申請退稅前36個月未因偷稅被稅務機關處罰兩次及以上的。

3.納稅人自2019年4月1日起未享受即征即退、先征后返(退)政策。也就是說，納稅人必須在享受增值稅即征即退、先征后返(退)政策與留抵稅額退稅之間作出取舍。因為納稅人獲得了留抵稅額退稅，則進項稅額留抵數減少，未來應交增值稅增加，如果再享受一次即征即退、先征后返(退)政策，就產生了重復退稅。從稅收籌劃的角度看，留抵退稅是“時間性差異”，即征即退、先征后返(退)政策是“永久性差異”。所以納稅人在兩者之間還是以選擇后者為宜，除非是進項留抵金額過大，以致于享受即征即退、先征后返(退)政策遙遙無期的，則可放棄這些減稅政策，轉而申請留抵稅額退稅。

二、留抵稅額退稅的計算

納稅人當期允許退還的增量留抵稅額，按照下述公式計算：

允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進項構成比例×60%

對此，需要注意以下幾點：

第一，允許退還的只是以增量留抵稅額為基礎，而不是全部留抵稅額。在例1中，即為70萬元，而不是120萬元。

第二，必須搞清楚“進項構成比例”這個概念。在39號公告中將其定義為2019年4月至申請退稅前一稅款所屬期內已抵扣的增值稅專用發票(含稅控機動車銷售統一發票)、海關進口增值稅專用繳款書、解繳稅款完稅憑證注明的增值稅額占同期全部已抵扣進項稅額的比重。計算這個比例的分子、分母指標區別在于，分母是大于等于分子數的，分子中僅為規定的三類憑證上已抵扣的進項稅額，而分母包括了同期全部已抵扣進項稅額，除了分子上的三類憑證外，還有依據農產品收購發票、旅客運輸票據(如電子普通發票、飛機票等)等按規定抵扣的進項稅額。

不過，筆者認為該進項構成比例的計算方法仍有值得商榷之處。目前的政策是要求納稅人統計從2019年4月直至申請退稅前一稅款所屬期內的分子、分母的相應數據：首先會加大納稅人的管理成本。試想，如果一家公司在2020年10月份符合退稅條件，則要將2019年4月直至2020年10月的所有進項稅額抵扣數分類統計出來。而如果它在2021年11月份又符合退稅條件，又要將2019年4月直至2021年11月的所有進項稅額抵扣數分類統計出來，并非易事。其次，這種計算方法未必科學，因為能夠申請留抵稅額退稅的，必須是連續六個月的指標符合規定條件，也就是說，增量留抵稅額的形成主要是在這六個月內發生的，可以依據這六個月相關指標進行計算，而不必永遠從2019年4月起始的數據計算，況且，如果之前已有連續六個月符合條件而申請過留抵稅額退稅，相當于做過一次“清稅”，在下一次申請留抵稅額退稅時，更沒有必要將從2019年4月起始的數據加入分子、分母了。

第三，允許退還的增量留抵稅額還有一個60%的比例限制，這主要是考慮到財政的承受能力。

例2：承例1，假定該公司2019年5月~10月憑增值稅專用發票抵扣進項450萬元，憑旅客運輸票據、農產品收購發票等抵扣進項50萬元。

11月份納稅申報期內，該公司可向主管稅務機關申請退還留抵稅額為：70×450/(450+50)×60%=37.8(萬元)。

如果該企業收到了37.8萬元退稅款，則該企業10月底的留抵稅額就應從120萬元調減為82.2萬元(120-37.8)。此后，納稅人應將11月份作為起始月，再往后連續計算6個月的增量留抵稅額的情況，如再次滿足退稅條件，可繼續按規定申請留抵退稅。

三、增量留抵退稅與出口退稅的關系

增量留抵退稅與出口退稅退還的都是納稅人的進項稅額，所以這兩個政策可以有條件地兼容。39號公告規定，納稅人出口貨物勞務、發生跨境應稅行為，適用免抵退稅辦法的，辦理免抵退稅后，仍符合本公告規定條件的，可以申請退還留抵稅額;適用免退稅辦法的，相關進項稅額不得用于退還留抵稅額。也就是說，只有適用免抵退稅辦法的出口業務(通常是生產企業)，才能申請留抵退稅。

20號公告規定，納稅人在同一申報期既申報免抵退稅又申請辦理留抵退稅的，或者在納稅人申請辦理留抵退稅時存在尚未經稅務機關核準的免抵退稅應退稅額的，應待稅務機關核準免抵退稅應退稅額后，按最近一期《增值稅納稅申報表(一般納稅人適用)》期末留抵稅額，扣減稅務機關核準的免抵退稅應退稅額后的余額確定允許退還的增量留抵稅額。

稅務機關核準的免抵退稅應退稅額，是指稅務機關當期已核準，但納稅人尚未在《增值稅納稅申報表(一般納稅人適用)》第15欄“免、抵、退應退稅額”中填報的免抵退稅應退稅額。

例3：某企業于2019年某月既申報免抵退稅又申請辦理留抵退稅，在填寫增值稅納稅申報時，“一般項目”中的當月銷項稅額為0，進項稅額為100萬元，上期留抵稅額為139萬元，無進項轉出等其他事項，因申報免抵退稅尚未經稅務局核準，故第15欄“免、抵、退應退稅額”填0，故表中“期末留抵稅額”為239萬元。納稅人既申報免抵退稅又申請辦理留抵退稅時，必須是先辦理免抵退稅，再辦理留抵退稅。假定主管稅務局核準出口退稅121萬元，則該企業的留抵稅額調整為118萬元(239-121)，應據此判斷是否符合增量留抵退稅的條件并計算應退稅額。同時，納稅人應注意稅務機關是否會要求按調整后的數據重新提交《退(抵)稅申請表》。

由于納稅人申請增量留抵退稅后，如果納稅人存在稅收風險疑點等而會導致稅務機關核準留抵退稅工作的暫停，因此，留抵退稅的最終獲準可能會有時間上的延遲。為此，20號公告還規定，在納稅人辦理增值稅納稅申報和免抵退稅申報后、稅務機關核準其免抵退稅應退稅額前，核準其前期留抵退稅的，以最近一期《增值稅納稅申報表(一般納稅人適用)》期末留抵稅額，扣減稅務機關核準的留抵退稅額后的余額，計算當期免抵退稅應退稅額和免抵稅額。

稅務機關核準的留抵退稅額，是指稅務機關當期已核準，但納稅人尚未在《增值稅納稅申報表附列資料(二)(本期進項稅額明細)》第22欄“上期留抵稅額退稅”填報的留抵退稅額。

例4：某企業于2019年某月辦理增值稅納稅申報和免抵退稅申報，“一般項目”中的當月銷項稅額為0，進項稅額為100萬元，上期留抵稅額為139萬元。稅務機關在核準其當月免抵退稅應退稅額前，核準了其前期留抵退稅30萬元。那么，在計算該納稅人當期免抵退稅應退稅額和免抵稅額時，進項稅額的金額應還原為209萬元(100+139-30)。

需要說明的是，這與前面所說的必須先辦理免抵退稅再辦理留抵退稅并不矛盾。因為這個先后順序針對的是納稅人在同一納稅期間既申報免抵退稅又申請辦理留抵退稅的情形，而例4中，納稅人申請辦理留抵退稅在先，申報免抵退稅在后。

四、確計算留抵退稅后的應交城建稅、教育費附加

在退還納稅人留抵的進項稅額后，如果納稅人產生了銷項稅額及應交增值稅，則原先退還的增量留抵稅額轉變成應交增值稅，依據當期繳納的增值稅附征的城市維護建設稅、教育費附加會相應增加。為解決這一問題，《財政部 稅務總局關于增值稅期末留抵退稅有關城市建設稅 教育費附加和地方教育附加政策的通知》(財稅201880號)規定：對實行增值稅期末留抵退稅的納稅人，允許其從城市維護建設稅、教育費附加和地方教育附加的計稅(征)依據中扣除退還的增值稅稅額。

例5：承例1、例2，假定該企業在2019年11月份產生銷項稅額110萬元，當月無新增進項稅額，則當月應交增值稅為27.8萬元(110-82.2)。當月應交的城市維護建設稅、教育費附加計稅依據為0，該企業可以從當月應交增值稅為27.8萬元中扣除前面已退還留抵退稅37.8萬元中的27.8萬元，未扣除完的部分可向后結轉扣除。