一、案例簡介

（一）基本案情

2009年7月5日，新聯(lián)公司對巴楚新聯(lián)“未來城”一期1-4號商住樓進行開工建設，2009年12月30日竣工。2010年3月15日，新聯(lián)公司對巴楚新聯(lián)“未來城”一期5-6號商住樓進行開工建設，2010年11月15日竣工。2013年11月23日，克州鑫稅務師事務所有限責任公司接受委托，對新聯(lián)公司開發(fā)的“新聯(lián)未來城一期1-6號商住樓”項目截止2013年5月31日土地增值稅清算稅款申報進行鑒證審核。同日，新聯(lián)公司向巴楚縣稅務局進行土地增值稅清算申報。新聯(lián)公司申報了“新聯(lián)未來城一期1-6號商住樓”項目土地增值稅：1-4號商住樓增值率為-16.92%，其中普通住宅增值率0.00%，其他項目增值率-16.92%，應繳土地增值稅稅額0.00元，已繳土地增值稅稅額470105.92元，應退土地增值稅稅額470105.92元；5-6號商住樓增值率為-7.74%，其中普通住宅增值率0.00%，其他項目增值率-7.74%，應繳土地增值稅稅額0.00元，已繳土地增值稅額634062.34元，應退土地增值稅稅額634062.34元，一期應退土地增值稅稅額共計1104168.26元。2013年11月24日，巴楚縣稅務局作出準予退還已預繳的土地增值稅1104168.26元，且于2014年6月19日將該筆款項退還給新聯(lián)公司。

2015年10月9日，巴楚縣稅務局案件檢查發(fā)現(xiàn)，“我局第一稅務所在2015年10月的日常征管工作自查中，對前期退稅資料進行復查，發(fā)現(xiàn)巴楚縣新聯(lián)房地產開發(fā)有限責任公司2014年6月辦理土地增值稅退稅1104168.26元，未按照稅收法律、法規(guī)的規(guī)定對涉及不同類型的房地產項目分別計算增值額、增值率、繳納土地增值稅，屬于計稅依據和政策適用錯誤，責令第一稅務所追回已退還的土地增值稅，并按照稅收法律、法規(guī)的規(guī)定重新審核該項目土地增值稅清算資料。”2016年3月7日，巴楚縣稅務局對“新聯(lián)未來城一期”土地增值稅清算審核報告指出：“1、普通標準住宅清算審核后增值額為-13783747.40元，增值率為0，應繳納土地增值稅0元，已預征0元，應退土地增值稅0元；2.非普通住宅清算審核后增值額為-308946.71元，增值率為0，應繳納土地增值稅0元，已預征0元，應退土地增值稅0元；3.非住宅清算審核后增值額為8255836.49元，增值率為34%，應繳納土地增值稅2476750.95元，已預征0元，應補土地增值稅2476750.95元。”2016年3月15日，巴楚縣稅務局作出巴地稅通20163號《稅務事項通知書》對新聯(lián)公司開發(fā)的“新聯(lián)未來城一期項目”土地增值稅清算申報重新審核，認定企業(yè)應補征土地增值稅2476750.95元。

新聯(lián)公司對該決定不服，于2017年4月11日申請復議，同年4月14日，喀什地區(qū)地方稅務局作出行政復議不予受理決定。新聯(lián)公司不服，訴至法院，要求撤銷巴楚縣稅務局于2016年3月15日作出的巴地稅通【2016】3號《稅務事項通知書》。

（二）各方觀點

新聯(lián)公司認為，稅務機關在清算土地增值稅前，首先應當確立清算單位，清算單位是否合法，是稅務機關征收土地增值稅行政行為是否合法的重要前提。但是根據各項法律法規(guī)規(guī)定，土地增值稅的最小清算單位為“幢”，而巴楚縣稅務局卻違背規(guī)定，將土地增值稅的清算單位進一步進行細分，進而導致其土地增值稅計算錯誤，其行政行為明顯違法。

一、二審法院均認為巴楚縣稅務局行政行為合法有效，駁回了新聯(lián)公司的訴請。

二、爭議焦點

本案爭議焦點主要包括1、土地增值稅的清算單位如何確定；2、土地增值稅免稅待遇是否可以放棄。

三、稅點評

（一）稅局按開發(fā)項目類別分別計算土增稅不受清算單位影響

法律依據 土地增值稅清算單位的相關內容

《中人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》（財法字19956號） 第八條 土地增值稅以納稅人房地產成本核算的最基本的核算項目或核算對象為單位計算。

《財政部 國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財稅字199548號） 十三、 關于既建普通標準住宅又搞其他類型房地產開發(fā)的如何計稅的問題 對納稅人既建普通標準住宅又搞其他房地產開發(fā)的，應分別核算增值額。不分別核算增值額或不能準確核算增值額的，其建造的普通標準住宅不能適用條例 第八條（一）項的免稅規(guī)定。

《財政部 國家稅務總局關于土地增值稅若干問題的通知》（財稅200621號） 三、 關于土地增值稅的預征和清算問題

各地要進一步完善土地增值稅預征辦法，根據本地區(qū)房地產業(yè)增值水平和市場發(fā)展情況，區(qū)別普通住房、非普通住房和商用房等不同類型，科學合理地確定預征率，并適時調整。工程項目竣工結算后，應及時進行清算，多退少補。

《國家稅務總局關于房地產開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發(fā)2006187號） 一、 土地增值稅的清算單位

土地增值稅以國家有關部門審批的房地產開發(fā)項目為單位進行清算，對于分期開發(fā)的項目，以分期項目為單位清算。

開發(fā)項目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額。

國家稅務總局關于印發(fā)《土地增值稅清算管理規(guī)程》的通知（國稅發(fā)200991號） 第六條 主管稅務機關應加強房地產開發(fā)項目的日常稅收管理，實施項目管理。主管稅務機關應從納稅人取得土地使用權開始，按項目分別建立檔案、設置臺帳，對納稅人項目立項、規(guī)劃設計、施工、預售、竣工驗收、工程結算、項目清盤等房地產開發(fā)全過程情況實行跟蹤監(jiān)控，做到稅務管理與納稅人項目開發(fā)同步。

第七條 主管稅務機關對納稅人項目開發(fā)期間的會計核算工作應當積極關注，對納稅人分期開發(fā)項目或者同時開發(fā)多個項目的，應督促納稅人根據清算要求按不同期間和不同項目合理歸集有關收入、成本、費用。

上述規(guī)定可以看出，土地增值稅最小計算單位為一個幢號，但并不影響對一個幢號中不同類型的房屋分別計算增值額，征收土地增值稅。現(xiàn)實中大量存在開發(fā)商開發(fā)的房地產項目僅為一幢樓的情況。上述法律規(guī)定就是針對“開發(fā)項目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額”，“對納稅人既建普通標準住宅又搞其他房地產開發(fā)的，應分別核算增值額”做出的。新聯(lián)公司開發(fā)的“新聯(lián)未來城一期”項目，符合上述法律規(guī)定的情形，故巴楚縣稅務局在清算新聯(lián)公司“新聯(lián)未來城一期”項目土地增值稅時，對項目中不同類型的房屋分別核算增值額，征收土地增值稅的做法符合上述法律規(guī)定。

（二）土地增值稅必須區(qū)分住宅非住宅進行核算，免稅待遇并非授權條款

依據《財政部 國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財稅字199548號）第十三條：對納稅人既建普通標準住宅又搞其他房地產開發(fā)的，應分別核算增值額。不分別核算增值額或不能準確核算增值額的，其建造的普通標準住宅不能適用條例第八條（一）項的免稅規(guī)定的規(guī)定。對于該規(guī)定是否為授權性規(guī)定，實務中存在爭議。

本案中，法院認為：分別核算增值額的目的，就是為了分別計算土地增值稅，通過分別核算增值額達到分別計算土地增值稅，進而起到稅收杠桿調節(jié)的作用，達到引導房地產經營方向，規(guī)范房地產市場的交易秩序，合理調節(jié)土地增值收益分配，促進房地產開發(fā)的健康發(fā)展的目的。財稅字199548號第十三條的規(guī)定，并沒有賦予新聯(lián)公司在分別核算增值額和分別計算土地增值稅方面具有選擇權，而是進一步對應該分別計算，沒有分別核算的納稅人，普通標準住宅不得享受免稅的規(guī)定，是一種懲罰性條款，而非選擇性條款。

為核實司法機關的觀點，筆者又核查了裁判文書網中其他類似案例，發(fā)現(xiàn)近年的裁判口徑均與本案一致，即認為：土地增值稅必須區(qū)分住宅非住宅進行核算，免稅待遇并非授權條款。

值得關注的是海南省關于土地增值稅清算的地方性規(guī)定的變化：

法律依據 相關內容

《關于土地增值稅有關問題的通知》（瓊地稅發(fā)2009104號） 第五條廢止《海南省地方稅務局關于明確商住綜合樓土地增值稅清算問題的通知》（瓊地稅函2008305號），即取消了納稅人”自行決定”分開清算還是合并清算的選擇權。

《海南省地方稅務局關于土地增值稅清算有關問題的通知》（瓊地稅發(fā)2009187號） 第二條：對同一清算單位的房地產項目中同時包含普通住房和非普通住房的，應該分別計算普通住房和非普通住房的增值額、增值率，征收土地增值稅。納稅人在申報土地增值稅清算時，未分別計算普通住房和非普通住房增值額、增值率的，稅務機關審核時，應分別計算普通住房和非普通住房增值額、增值率，征收土地增值稅。普通住房的增值額未超過扣除項目金額百分之二十的，免征土地增值稅。

以海南省的規(guī)定為例，從中可以得出結論稅務機關與司法機關對于土地增值稅的分住宅和非住宅分別核算確實是作為強制性的條款來施行的。

（三）新趨勢：免稅待遇或將作為授權性條款適用