解析：

一、增值稅

根據(jù)《營業(yè)稅改征增值稅試點有關(guān)事項的規(guī)定》（財稅〔2016〕36號附件2）第一條第八項規(guī)定，一般納稅人銷售其2016年4月30日前取得（不含自建）的不動產(chǎn)，可以選擇適用簡易計稅方法，以取得的全部價款和價外費用減去該項不動產(chǎn)購置原價或者取得不動產(chǎn)時的作價后的余額為銷售額，按照5%的征收率計算應(yīng)納稅額。因此甲公司該項業(yè)務(wù)應(yīng)繳納增值稅（1000-400）÷1.05×5%=28.57（萬元）。

二、土地增值稅

（一）計稅收入

《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于營改增后契稅房產(chǎn)稅土地增值稅個人所得稅計稅依據(jù)問題的通知》（財稅〔2016〕43號）第三條規(guī)定：“土地增值稅納稅人轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)取得的收入為不含增值稅收入。”

《國家稅務(wù)總局關(guān)于營改增后土地增值稅若干征管規(guī)定的公告》（國家稅務(wù)總局公告2016年第70號）第一條第（一）款規(guī)定：“營改增后，納稅人轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)的土地增值稅應(yīng)稅收入不含增值稅。適用增值稅一般計稅方法的納稅人，其轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)的土地增值稅應(yīng)稅收入不含增值稅銷項稅額；適用簡易計稅方法的納稅人，其轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)的土地增值稅應(yīng)稅收入不含增值稅應(yīng)納稅額。”

按照上述規(guī)定，轉(zhuǎn)讓該商鋪土地增值稅

計稅收入=1000-28.57=971.43（萬元）。

（二）可扣除房產(chǎn)原值

根據(jù)《中人民共和國土地增值稅暫行條例》、《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅若干問題的通知》（財稅〔2006〕21號）第二條第一款規(guī)定，納稅人轉(zhuǎn)讓舊房及建筑物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發(fā)票的，經(jīng)當(dāng)?shù)囟悇?wù)部門確認(rèn)，《條例》第六條第（一）、（三）項規(guī)定的扣除項目的金額，可按發(fā)票所載金額并從購買年度起至轉(zhuǎn)讓年度止每年加計5%計算。對納稅人購房時繳納的契稅，凡能提供契稅完稅憑證的，準(zhǔn)予作為“與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金”予以扣除，但不作為加計5%的基數(shù)。

國家稅務(wù)總局公告2016年第70號文件第六條規(guī)定：“營改增后，納稅人轉(zhuǎn)讓舊房及建筑物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發(fā)票的，《中人民共和國土地增值稅暫行條例》第六條第一、三項規(guī)定的扣除項目的金額按照下列方法計算：

1.提供的購房憑據(jù)為營改增前取得的營業(yè)稅發(fā)票的，按照發(fā)票所載金額（不扣減營業(yè)稅）并從購買年度起至轉(zhuǎn)讓年度止每年加計5%計算。

2.提供的購房憑據(jù)為營改增后取得的增值稅普通發(fā)票的，按照發(fā)票所載價稅合計金額從購買年度起至轉(zhuǎn)讓年度止每年加計5%計算。

3.提供的購房發(fā)票為營改增后取得的增值稅專用發(fā)票的，按照發(fā)票所載不含增值稅金額加上不允許抵扣的增值稅進項稅額之和，并從購買年度起至轉(zhuǎn)讓年度止每年加計5%計算。”

《國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅清算有關(guān)問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）第七條規(guī)定：“《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅若干問題的通知》（財稅〔2006〕21號）第二條第一款規(guī)定“納稅人轉(zhuǎn)讓舊房及建筑物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發(fā)票的，經(jīng)當(dāng)?shù)囟悇?wù)部門確認(rèn)，《條例》第六條第（一）、（三）項規(guī)定的扣除項目的金額，可按發(fā)票所載金額并從購買年度起至轉(zhuǎn)讓年度止每年加計5%計算”。計算扣除項目時“每年”按購房發(fā)票所載日期起至售房發(fā)票開具之日止，每滿12個月計一年；超過一年，未滿12個月但超過6個月的，可以視同為一年。”

該商鋪是甲公司于2011年1月1日購買的（營改增前取得的），轉(zhuǎn)讓時間是2019年1月，按照上述規(guī)定，可扣除房產(chǎn)原值=400+400×8×5%=560（萬元）。

（三）與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)相關(guān)的稅金

1.城建稅（7%）、教育附附加（3%）、地方教育附加（2%）合計=28.57×12%=3.43（萬元）；

2.購買時繳納的契稅12萬元允許扣除；

3.轉(zhuǎn)讓時應(yīng)按產(chǎn)權(quán)轉(zhuǎn)移書據(jù)繳納印花稅1000×5?=0.5（萬元）允許扣除；

4.假設(shè)當(dāng)?shù)囟悇?wù)機關(guān)規(guī)定教育費附加可視同稅金扣除。與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金為3.43+12+0.5=15.93（萬元）。

（四）扣除項目金額=可扣除房產(chǎn)原值+與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金=560+15.93=575.93（萬元）。

（五）增值額=計稅收入-扣除項目金額=971.43-575.93=395.5（萬元）；

（六）增值率=增值額÷扣除項目金額=395.5÷575.93=68.67%

（七）應(yīng)繳納的土地增值稅=395.5×40%-575.93×5%=129.40（萬元）。

三、企業(yè)所得稅

根據(jù)《中人民共和國企業(yè)所得稅法》第六項第三項規(guī)定，企業(yè)以貨幣形式和非貨幣形式從各種來源取得的收入，為收入總額。包括：（三）轉(zhuǎn)讓財產(chǎn)收入；第八條規(guī)定，企業(yè)實際發(fā)生的與取得收入有關(guān)的、合理的支出，包括成本、費用、稅金、損失和其他支出，準(zhǔn)予在計算應(yīng)納稅所得額時扣除。因此，甲公司轉(zhuǎn)讓商鋪影響企業(yè)所得稅應(yīng)納稅所得額=收入971.43-成本252-稅費133.33=586.10（萬元），企業(yè)所得稅586.10×25%=146.53(萬元）。

四、會計處理

1.固定資產(chǎn)轉(zhuǎn)入清理

借：固定資產(chǎn)清理 252

累計折舊 160

貸：固定資產(chǎn) 412

2.實際處置時

借：銀行存款 1000

貸：應(yīng)交稅費——簡易計稅 28.57

固定資產(chǎn)清理 971.43

3.計提稅費時

借：固定資產(chǎn)清理 131.33

貸：應(yīng)交稅費——應(yīng)交土地增值稅 129.40

應(yīng)交稅費——應(yīng)交城市維護建設(shè)稅 2

應(yīng)交稅費——應(yīng)交教育費附加 0.86

應(yīng)交稅費——應(yīng)交地方教育附加 0.57

應(yīng)交稅費——印花稅 0.5

4.固定資產(chǎn)清理結(jié)轉(zhuǎn)

借：固定資產(chǎn)清理 586.10