一、法規層面

《財政部 國家稅務總局關于營改增后契稅房產稅土地增值稅個人所得稅計稅依據問題的通知》（財稅〔2016〕43號）

三、土地增值稅納稅人轉讓房地產取得的收入為不含增值稅收入。

《中人民共和國土地增值稅暫行條例》等規定的土地增值稅扣除項目涉及的增值稅進項稅額，允許在銷項稅額中計算抵扣的，不計入扣除項目，不允許在銷項稅額中計算抵扣的，可以計入扣除項目。

撇開條文不談，按照持剔除進項觀點的人的邏輯，不管是房地產新老項目、一般征收/簡易征收，豈不是所有進項都不可計入扣除項目了？回到條文，條文的意思很明確，不允許在銷項稅額中計算抵扣的進項稅額可以計入扣除項目，毫無疑問簡易征收的房地產老項目其進項是不得計算抵扣的，這是增值稅基本原理。

二、法理層面

簡易征收的房地產老項目其土地增值稅計稅收入除以了（1+5%），但扣除項未剔除剔除進項，是否違背了增值稅價外稅的原理？是否導致國家稅收的流失？我們需要回到房地產老項目可以簡易征收的背景去看，之所以房地產老項目可以按5%簡易征收，在于其部分支出發生在全面推開營改增（2016年5月1日）之前，而建筑業作為房地產取得進項的最主要來源也是2016年5月1日才改征增值稅的，故房地產企業全面推開營改增之前發生的建安支出取得的是營業稅發票，自然就沒有進項稅額，更沒有進項稅額抵扣一說了，所以如果要求房地產老項目也按新項目一樣適用11%/10%/9%的銷項稅率，將導致房地產企業的增值稅稅負畸高，因此才有了老項目可按5%簡易征收的過渡辦法，是為了平衡部分支出無法取得進項的稅負問題。再將房地產老項目和新項目放在一起，以一個簡化的模擬案例更能直觀體現簡易征收的房地產老項目其土地增值稅計稅收入剔除5%增值稅，但成本不剔除進項的合理性：

新項目 老項目

增值稅含稅收入 218 218

適用稅率（征收率） 9% 5%

土地增值稅計稅收入 200 207.6

增值稅成本（假設全部取得合規專票） 109 109

票面進項 9 9

剔除進項后的成本 100

應交增值稅 9 10.4

土地增值稅增值額（不考慮其他，如加計扣除、稅金等） 100 98.6

不考慮其他因素（如土地價款抵減等），新項目收入剔除銷項=218/（1+9%）*9%=18，成本剔除進項=109/（1+9%）*9%=9，實際繳納增值稅=18-9，土地增值稅增值額=200-100=100=(218-109)-(18-9)

老項目收入剔除應納增值稅額=218/（1+5%）*5%=10.4，成本不剔除進項=109，實際繳納增值稅=10.4,土地增值稅增值額=207.6-109=98.6=(218-109)-10.4

在理想化的環境中，所謂增值稅的價外稅，即本環節剔除的銷項、進項、簡易征收應納稅額之和應等于實際繳納的增值稅（不考慮免稅、不征稅、退稅等特殊情況），就如上例新項目剔除的好是(18-9)，對于老項目而言其實際繳納了增值稅10.4，為什么要求其剔除（10.4-9）呢？

此外還有個不甚精確的解釋方法，新項目土增計稅收入要除以（1+9%），扣除項剔除進項，而簡易征收的房地產老項目土增計稅收入除以的是（1+5%），數學常識告訴我們除以的分母越大，得出的數字越小，與簡易征收的房地產老項目相比，新項目計稅收入更小，但與此同時扣除項也相應的減小了（剔除進項），簡易征收的房地產老項目雖然只有計稅收入進行了增值稅剔除（/（1+5%）），扣除項沒有縮小（不剔除進項），大可以近似認為沒有剔除的進項和收入增加是相匹配的，國家也沒有吃虧，就如同上例中新項目在同樣的含稅收入、成本下，新項目剔除了(18-9)=9，老項目剔除了10.4，是很接近的，如果要求老項目扣除項剔除進項（10.4-9=1.4），差異就很大了。這種解釋并不嚴謹，但有助于理解。

綜上，要求簡易征收的房地產老項目土地增值稅清算中扣除項剔除進項既不合法也不合理。