一般來說，創業人員在南京注冊公司，其通常按照如下流程與步驟來進行：

第一步：公司核名

準備5個以上備選公司名稱，按喜愛程度依次排列，然后攜帶公司核名所需材料，到南京工商局進行核名。

第二步：工商交件

按公司注冊資料清單準備好公司注冊登記所需材料，連同上一環節領取的《公司名稱預先核準通知書》一并上交給工商部門，等待工商部門審核結果。

第三步：辦理執照

如若工商部門審核通過，準予辦理，那么企業就可以按約定時間到工商局辦理營業執照、副本。

第四步：公司刻章

到公安機關指定刻章點辦理刻章事宜。刻制的印章分為公章、財務章、法人章、合同章、發票章。同時到銀行開立驗資戶并存入投資款（注冊資本認繳則省略這一步驟）。

第五步：資料整理

整理資料到質量技術監督局辦理公司組織機構代碼證（如今，大部分地區已實行“五證合一”，所以這一環節可省略）。

第六步：稅務認證

整理相關資料到國稅局辦證處辦理國稅證，核定公司納稅人身份，公司負責人可根據自身情況確定選擇成為一般納稅人還是小規模納稅人，然后再認定完成后購買稅控設備及發票。

第七步：地稅辦理

整理資料到地稅局辦證處辦理地稅，如今國地稅合并，所以該步驟也得到簡化。

第八步：銀行開戶

到開立驗資戶的銀行或公司附近銀行開設公司基本賬戶，并與之簽訂三方協議（以后公司稅款繳納可直接劃轉）。

第九步：稅務辦理

由公司安排會計人員整理資料到所屬稅務局辦理公司備案及報稅事宜。