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公司設立協議與公司章程雖然目標一致、內容密切，但仍存在眾多差異。

首先，新公司法規定，除采取有限責任公司形式的外商投資企業外，公司設立協議并非有限責任公司設立環節的必備法律文件，而在股份有限公司中發起人應當簽訂發起人協議。當然，公司章程則是任何形式的公司在成立過程中都必須具備的法定文件。

其次，二者效力不同。公司設立協議只在發起人之間具有法律效力。公司章程則調整的是所有股東之間、股東與公司之間，公司的管理機構與公司之間的法律關系。從效力期間來看，公司設立協議的效力期間是從設立行為開始到設立過程終止，而公司章程則及于公司成立后的整個存續過程，直至公司終止。

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