全額撥款和差額撥款的區別是：全額撥款是單位全部費用由國家財政提供，財政可以對單位收入進行全面的管理和監控，而差額撥款財政只負責單位的人員費用，其他費用需單位自籌。

　　全額撥款是一種政府財政分配的形式，采用全額撥款形式的單位有利于國家對其收入進行全面的管理和監控，也使得單位的經費得到充分的保障，簡而言之就是在編人員的工資、福利及績效等各項待遇均由財政全額撥款支付。

　　差額撥款是一部分非營利性機構(如醫療衛生機構)的國家撥款方式，采用差額撥款形式的單位，財政對單位的監控較少，單位自由度很高。按照國家有關規定，差額撥款單位要根據經費自主程度，實行工資總額包干或其他符合自身特點的管理辦法，促使其逐步減少國家財政撥款，向經費自收自支過渡。