專項審計報告應包括以下主要內容：

　　1、說明部分

　　說明委托方名稱(被審計企業名稱)及委托目的(審計目的);說明會計責任、審計責任、審計依據。

　　2、企業及項目基本情況

　　企業基本情況，包括：公司名稱、注冊日期、營業執照頒發機構、注冊號碼、注冊資本，法定代表人、公司住所，經營范圍以及簡述項目情況。

　　3、基金項目合同及相關規定

　　項目申報時間、項目名稱、合同簽訂時間、立項代碼、取得創新基金資助金額及資助方式;項目投資總額;創新基金用途;項目合同規定的各項經濟指標情況。

　　4、合同執行期間項目各項經濟指標完成情況

　　資金到位情況;資金支出情況;項目各項經濟指標完成情況。

　　5、報告附注

　　會計政策注釋;企業適用稅種及稅率;主要財務指標注釋。