1、賬戶開辦方不同：零余額賬戶一般是指由財政部門為滿足部門以及單位的需求在銀行開設的賬戶，而基本存款賬戶則是由單位財政工作人員自行前往銀行開設的賬戶；

2、賬戶的用途不同：零余額賬戶主要是用來進行財政支付和財政清算，而基本存款賬戶可以辦理公司的許多業務，包括工資的發放、日常業務的結算等等；

3、賬戶面向范圍不同：零余額賬戶一般是和政府相關的單位才能辦理，基本賬戶所有單位都能辦理。

零余額賬戶的管理使用

1、財政部門：國家的財政部門主要使用零余額賬戶進行相關項目的財政支付；

2、預算單位：預算單位主要是按照相關部門的指令，使用零余額賬戶進行規定額度內的財政支付；

3、行政事業單位：行政事業單位主要負責零余額賬戶預算單位的賬務登記工作，如果預算單位將撥款用在購買物品或服務上，應記為“行政支出”項目。