1、抵扣聯丟失，發票聯還在：開票方可以把未丟失的發票聯交給收票方，收票方可憑借發票聯在主管稅務進行認證抵扣。在此操作過程中，開票方記得留存發票聯復印件以供備用；

2、抵扣聯和發票聯都丟失：開票方必須根據規定流程，對丟失的發票進行報失處理，再由稅務機關進行遺失申明，相關過錯方需要對此承擔一定責任。

增值稅專用發票和普通發票的區別

1、發票的印制要求不同：增值稅專用發票是為了推行新規而出具的新型發票，由國務院稅務主管部門要求的企業進行印制。普通發票可由省、自治區、直轄市國家稅務局、地方稅務局要求的企業進行印制；

2、發票的使用對象不同：增值稅專用發票只能用作一般納稅人繳增值稅使用。普通發票可以由各種納稅人進行稅務登記使用；

3、發票的作用不同：增值稅專用發票除了基礎作用，還可以作為購買方扣除增值稅的證明。普通發票只能作為運費、廢舊物資、農副產品的抵扣證明；

4、發票的內容不同：增值稅專用發票除了普通發票擁有的內容外，還補充了納稅人稅務登記號、適用稅率、不含增值稅金額、應納增值稅額等特有內容；

5、發票的聯次不同：增值稅專用發票有兩種，三聯次和七聯次，三聯次為記賬聯、發票聯、抵扣聯，七聯次除此之外全為備用聯。普通發票只有三聯次，為存根聯、發票聯、記賬聯。