發票號碼和系統對不上視為發票錯誤，發票進行作廢處理，再重新開具發票。假設開票系統中發票10號打印在紙質發票11號上，那么紙質發票11號是錯誤發票，需要進行作廢，并在開票軟件中將11號發票也作廢。重新開具發票時仔細地將開票系統中的號碼對應到紙質發票的號碼再打印。如果發票已開給對方，必須退回全聯次發票再重新開具正確發票。

給客戶的紙質發票號碼和電腦的開票系統不一樣，客戶收到的發票是無法認證的，需要讓客戶及時退回發票。在收到退回的錯誤發票后，若發票聯、抵扣聯符合發票的相關作廢條件，則發票做作廢處理。作廢后的增值稅發票需要在防偽稅控系統里面把對應的電子數據同樣標上作廢處理，并且在紙質發票的各個聯次注上作廢字樣，最后留存。作廢后重新給客戶開具發票。