1、小規模納稅人正常履行納稅義務，經由相關稅務機關批準之后，納稅人的銷售貨物或者應稅勞務可以通過稅務機關代開相關的增值稅專用發票；

2、稅務部門需要將代開發票的情況整理成冊以備審查。對于銷賣免稅商品或者將商品及應稅勞務出售給消費者以及小額銷售的納稅人不允許代開增值稅專用發票；

3、辦理代開增值稅專用發票之前，納稅人需要到稅務局臨時申報應納稅額，之后攜帶稅務部門發放的稅收繳款書到開戶銀行辦理稅款入庫。只有帶有已蓋銀行轉訖章的納稅憑證，稅務部門才會辦理代開業務；沒有正常繳納稅款、履行納稅義務的納稅人不能申請代開增值稅專用發票；

4、稅務部門在辦理代開增值稅專用發票的業務時，需要在發票單價欄以及金額欄分別填寫不包含其應納稅額的貨物單價以及銷售額，稅率寫為增值收率4%或者6%，稅額寫為納稅人應納稅額。此外，納稅人在獲取已代開的增值稅專用發票之后，需要在上面的稅額欄填寫為其進項稅額。

以上為稅務機關代開增值稅專用發票的規定。值得一提的是，按照國家規定，小規模納稅人是不允許領取使用增值稅專用發票的，但因為國家照顧該納稅人群體的利益，所以稅法規定增值稅專用發票可以由稅務機關代開。

小規模納稅人申請代開增值稅發票流程

1、在辦稅服務處指定窗口上交《代開增值稅發票繳納稅款申報單》；

2、自然人進行代開發票的申請時，需要提供辦理人的中華人民共和國居民身份證證件以及其正反面復印件。此外，當其他納稅人進行相關申請時，則需要準備具有社會信用代碼的營業執照、稅務登記證或者組織機構代碼證以及經辦人身份證（包括復印件）；

3、辦理人繼續在該辦稅服務廳的服務窗口申請并且繳納增值稅等相關稅務費用；

4、辦理人即可以在該辦稅服務廳的同一個服務窗口拿到相應的發票。