會的。

房貸扣款余額不足，如果補上金額，系統是會進行第二次扣款的。

當銀行卡余額不足以支付房貸時，系統會優先扣除銀行卡當前余額，然后貸款人可以將剩余部分金額打入銀行卡，等待系統第二次自動扣款。

建議還款人在扣款日前按還款協議把款項存入還款賬戶，如條件方便，可在還款日查詢一下賬戶余額是否足夠房貸扣款，以免延遲扣款后產生滯納金并影響個人信用。還款人提前1-2天將足額的金額轉入銀行卡中，這樣可以避免因為還款高峰期而導致系統自動扣款，從而造成貸款逾期的現象。

扣款的方式有兩種情況：

1、如果是住房公積金貸款，當日扣款沒有全額扣款，又另外存款后，只能等到下月扣款日才能把未扣完款項扣全，住房公積金貸款手動操作扣款，不是批量扣款。一次遲還不影響信用。

2、如果是銀行按揭貸款，第二天就會把欠款扣完了。偶爾一次遲還一天不會影響信用。銀行房貸扣款屬于批量扣款，還款人應該盡量在扣款日17點之前把款存入賬戶。

關于房貸扣款詳細：

1、需要開一個銀行的銀行卡，申請貸款時把這個銀行卡賬號告訴銀行，銀行會綁定成還款賬戶。

2、銀行會每月自動就從該賬戶里面扣款。

3、需要保證該銀行卡里面有足夠的錢可扣款。

比如在招行貸款，需要與貸款經辦行核實。招行貸款提交申請資料齊全，審批時間大約15個工作日左右，因為中間涉及評估、辦理抵押登記等環節，每個客戶情況會有差異；貸款具體的放款時間、能否取消等相關信息，直接聯系經辦網點或貸款客戶經理確認。