南京公積金每月最低繳納2020元。根據南京市人力資源和社會保障局發布的《關于調整全市最低工資標準的通知》，提到了“月最低工資標準調整為2020元/月”的規定，所以住房公積金繳存基數最低不低于2020元。

2018年6月14日，南京市公積金官網發布了公積金繳存比例的最新消息，具體如下： 1、延長階段性適當降低企業住房公積金繳存比例政策的期限。南京市2016年出臺的階段性適當降低住房公積金繳存比例的政策，延長執行至2020年4月30日 。 2、嚴格控制住房公積金繳存基數上限。南京市住房公積金繳存基數，最高不得超過南京市統計部門公布的 上一年度職工月平均工資的3倍。 3、擴大住房公積金繳存比例浮動區間。南京市住房公積金繳存比例浮動區間調整為5%—12% 。單位設立住房公積賬戶時，單位可在住房公積金繳存比例5%—12%區間內自主選擇。 4、生產經營困難企業可以申請降低繳存比例或者暫緩繳存。企業繳存確有困難的，經本企業職工代表大會或工會討論通過，并經南京住房公積金管理中心（分中心）審核后，可以降低繳存比例或者緩繳，待企業經濟效益好轉后，再提高繳存比例或者恢復繳存并補繳緩繳部分。 最低繳存比例不得低于5%。