公積金還貸款可以從每個月的公積金里面扣，但是也可使用現金支付或是銀行的儲蓄賬戶。根據貸款銀行與借款人簽訂的《借款合同》約定，借款人應在貸款發放后的次月按月還款，具體方式有兩種，由借款人自行選擇：
1、每月1-20日到貸款銀行用現金償還貸款本息；

2、委托貸款銀行代扣償還。借款人與貸款銀行簽訂《代扣還款協議書》，并辦理個人還款儲蓄卡。借款人可以一次預存多個月份的還款金額，或在每月20日以前就近在銀行儲蓄所存入足額的還款金額，由銀行直接從借款人儲蓄帳戶中扣劃應還貸款本息。

公積金貸款的還款規定：
借款人需在每月20日前按照貸款還款計劃表上的本息金額將款項存入己開立的活期存折（信用卡）中，20日晚由代辦銀行予以扣收，未及時存款或存款余額不足的從21日開始按罰息利率計算并收取滯納金。需要注意的是每次扣款后的帳戶余額要在 10元以上，否則銀行的扣款系統將按存款不足視為逾期而收取滯納金。